ゲノムワイド関連解析における正確確立検定の応用

精确概率检验在全基因组关联分析中的应用

• 批准号: 10J00226
• 负责人: 岡田 随象
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10J00226/
• 关键词: ゲノムワイド関連解析; 関節リウマチ; 血液学的検査値; 生化学的検査値; 身体測定値; 正確確率検体; SNP

ゲノムワイド関連解析を用いて、関節リウマチを初めとする複数の疾患の原因遺伝子や、血液学的検査値・生化学的検査値・身体測定値(身長・肥満)の個人差に関与する遺伝子を多数同定した。ゲノムワイド関連解析とは、ヒトゲノム上に存在する数十万～数百万の一塩基多型(SNP)における個人間の違いと対象形質との関連を、統計学的に解析する手法である。本研究においては、理化学研究所ヒトゲノム解析センターにおいてタイピングされた最大3万人の日本人集団を対象とした大規模なゲノムワイド関連解析を実施し、多数の原因遺伝子の同定することに成功した。ゲノムワイド関連解析の過程においては、各SNPのタイピング結果におけるエラーの有無を確認する際に用いるHardy-Weinberg平衡からの逸脱からの評価に際して、正確確率検定を採用した。正確確率検定を用いることにより、従来の漸近近似に基づく検定と比較してより正確な評価が可能となった。特に本研究においては対象サンプル数が3万人と大規模であるため漸近近似における不正確さが増大することが予想されたため、正確確率検定の採用は効果的であったと考えられた。

The analysis of the relationship between the body and the joints, the cause of the disease, the hematology evaluation, the biochemical evaluation, the body measurement (length, fat), and the individual difference are mostly the same. There are hundreds of thousands to millions of SNPs in the world, and there are statistical methods for analyzing the relationship between individuals and image quality. In this study, the Institute of Physical and Chemical Sciences successfully analyzed the relationship between the largest Japanese population and most of the causes. The process of correlation analysis of SNPs is discussed in detail below. Hardy-Weinberg equilibrium is used to determine the accuracy of the analysis. The accuracy rate is determined by using the method of approximate approximation. The accuracy rate is determined by comparing the accuracy rate with the probability. In this study, the number of people in the image is 30,000, and the accuracy is determined.

项目成果

A genome-wide association study in 19 633 Japanese subjects identified LHX3-QSOX2 and IGF1 as adult height loci

• DOI: 10.1093/hmg/ddq091
• 发表时间: 2010-06-01
• 期刊: HUMAN MOLECULAR GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Okada, Yukinori;Kamatani, Yoichiro;Kamatani, Naoyuki
• 通讯作者: Kamatani, Naoyuki

Identificatino of nine novel loci associated with white blood cell subtypes in a Japanese population

日本人群中与白细胞亚型相关的九个新位点的鉴定

• 发表时间: 2011
• 期刊: PLoS Genetics
• 影响因子: 4.5
• 作者: Heyun Shen;Junji Watanabe;Takami Akagi;Mitsuru Akashi;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象
• 通讯作者: 岡田随象

Genetic pleiotropy in the inflammation-related quantitative trait loci

炎症相关数量性状位点的遗传多效性

• 发表时间: 2011
• 作者: Heyun Shen;Junji Watanabe;Takami Akagi;Mitsuru Akashi;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象
• 通讯作者: 岡田随象

ゲノムワイド関連解析による量的形質関連遺伝子の同定

通过全基因组关联分析鉴定数量性状相关基因

• 发表时间: 2010
• 作者: Heyun Shen;Junji Watanabe;Takami Akagi;Mitsuru Akashi;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象;岡田随象
• 通讯作者: 岡田随象

Genome-wide association study for C-reactive protein levels identified pleiotropic associations in the IL6 locus

• DOI: 10.1093/hmg/ddq551
• 发表时间: 2011-03-15
• 期刊: HUMAN MOLECULAR GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Okada, Yukinori;Takahashi, Atsushi;Kamatani, Naoyuki
• 通讯作者: Kamatani, Naoyuki