权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

魚介類筋肉トロポミオシンの構造特性に関する分子動力学

鱼类和贝类肌肉原肌球蛋白结构特性的分子动力学

基本信息

批准号：
10J03896
负责人：
小澤秀夫
金额：
$ 0.9万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2011
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10J03896/
关键词：
魚介類筋肉トロポミオシン分子シミュレーション

项目摘要

筋肉トロポミオシン(以下、TMと略記)は単量体あたり、284アミノ酸残基よりなる二量体のタンパク質であり、脊椎動物横紋筋ではトロポニンとともに筋収縮調節を行う。TMの柔軟性および屈曲性は、アクチン結合能および筋収縮調節能に影響を与えるとされている。本研究では分子シミュレーションを用いて、TMの柔軟性及び屈曲性を評価することを目的とした。完全長TMを対象とすると情報量が多くなり、解析が困難になると予想されたので、TMのC末端側断片(190-284残基目)を対象とした。分子シミュレーションソフトはAMBER 10を用い、水分子を明示化する条件で、300Kにおいて20ns行った。本年度は、ウサギTMの一残基変異体であるS229T変異体(229残基目をウサギ型のSerからシログチ型のThrに変異)の分子シミュレーションを行った。S229T変異体の解析により、229残基目の変異によってウサギTM断片の屈曲性及び柔軟性は増大することが示された。さらに、モデリングによって、ウサギ、シログチおよびクルマエビTMの構造の評価を試みた。モデリングの鋳型となる結晶構造(PDB ID 1C1G)は解像度が7Åと低く、そのため二本のαヘリックス鎖間の距離が、TMの部分断片の結晶構造のそれと大きな差異を示した。従ってモデリングの結果から屈曲性や柔軟性を評価するのは不適切と判断した。

Brawn トロポミオシン (と slightly below, TM) は単 quantity body あたり, 284 アミノ acid residues よりなる 2 quantity body のタンパク qualitative であり, vertebrate horizontal grain reinforcement ではトロポニンとともに reinforcement 収 indentation line をう adjustment. TM <s:1> flexibility および flexion, アチチ <s:1> binding energy および tendon contraction regulation energy に influence を and えるとされてるるる. This study では molecular シミュレーションを with いて, TM の softness and び buckling を review 価することを purpose とした. Completely long TM を like と seaborne すると intelligence quantity more than がくなり, parse が difficult になると to think されたので, TM の C terminal side fragment residues (190-284 mesh) を like と seaborne した. Molecular シミュレーションソフトは AMBER 10 を with い, water molecules を express すでる conditions, 300 k におい 20 ns line ってた. This year は, ウサギ TM の a residues - variant である S229T - variants (229 residues mesh をウサギ type の Ser からシログチ type の Thr に variations) の molecular シミュレーションを line った. S229T - variant の parsing により, 229 residues mesh の - different によってウサギ TM の buckling and fragment び softness は raised large することが shown された. Youdaoplaceholder0, モデリグによってグによって, ウサギ, シログチおよび <s:1> エビエビエビエビTM <s:1> construction <e:1> evaluation 価を test みた. モデリングの type where となる crystal structure (PDB ID 1 c1g) は resolution が 7 a low とく, そのため 2 の alpha ヘリックスがの distance between lock, TM の part fragment の crystal structure のそれと big きをな differences in した. Youdaoplaceholder0, グ, グ, <s:1> results, ら, ら fleziness, や, softness, を evaluation, 価する, た, unsuitability, と, judgment, た.