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魚類筋肉トロポミオシンアイソフォームと筋収縮特性に関する研究

鱼肌肉原肌球蛋白亚型及肌肉收缩特性的研究

基本信息

批准号：
13J06772
负责人：
小澤秀夫
金额：
$ 0.83万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2013
资助国家：
日本
起止时间：
2013 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13J06772/
关键词：
トロポミオシン分子動力学シミュレーション一般化ボルン法

项目摘要

本研究において、ウサギおよびシログチ・トロポミオシンのC末端側断片(190-284残基目)の20 ns間にわたる分子動力学シミュレーションを、水を明示化したモデルでそれぞれ7回行った。シミュレーションソフトは、Amberを用い、構造解析にはTwisterを用いた。解析の結果、239残基前後において、ウサギ・トロポミオシン断片は、シログチ・トロポミオシン断片と比較し、スタガーと呼ばれる構造変化が起こりやすいことが明らかとなった。本研究では、屈曲とスタガーの関係を求めるために、屈曲を二つの方向成分に分解した。スタガーと特定の方向の屈曲の関係は、幾何学的な関係に近似できると考え、関係式を作成し、その妥当性を確認した。本研究により、アミノ酸残基置換が構造に与える影響が明らかとなった。病気を引き起こすアミノ酸残基置換と種間で見られるアミノ酸残基置換が、構造に与える影響の差異について、今後さらに研究する必要があると考えられた。ウサギ完全長トロポミオシンの200 ns間の分子動力学シミュレーションを、水を明示化しないモデル(一般化ボルン法)で3回行った。表面張力の計算を行うと、シミュレーション・コストが10倍になるため、表面張力の計算は行わなかった。その結果250残基からC末端にかけて、二本のαヘリックス鎖は大きくずれたが、これは計算条件のアーティファクトによる可能性もあるものの、トロポミオシンのアクチン結合能や筋収縮調節能に影響を与える可能性がある。したがって、異なった計算条件で分子動力学シミュレーションを行いつつ、in vitro実験による検討を行う必要があると考えられた。

In this study, the C-terminal side fragment (190-284 residues) of において, ウサギおよびシログチ・トロポミオシンの20 ns between にわたる molecular dynamics シミュレーションを, water を clarification したモデルでそれぞれ7 return line った. Structural Analysis Twister Twister. Analysis results, 239 residues before and after, において, ウサギ・トロポミオシン fragment は, シログチ・トロポThe ミオシン fragment and comparison し, the スタガーとcall ばれる structural change が开こりやすいことが明らかとなった. In this study, the relationship between buckling and buckling is determined, and the buckling and bending direction components are decomposed. The buckling relationship in a specific direction, the geometric relationship, the approximation, the relationship expression, the validity verification. In this study, we studied the structure and effects of により and アミノ acid residue substitutions on が明らかとなった. Disease を lead こすアミノ acid residue substitution と interspecies られるアミノ acid residue substitution が, structure The difference between the influence of the construction and the influence of the object is clear, and it is necessary to study the influence of the object in the future.ウサギfull length トロポミオシンの200 Molecular dynamics between ns and molecular dynamics, and water clarification method (generalized molecular method) is a 3-step method. Calculation of surface tension, calculation of surface tension, calculation of surface tension, calculation of surface tension, calculation of surface tension, calculation of surface tension, calculation of surface tension.そのResults 250 residues からC terminal にかけて、二本のαヘリックス Lockは大きくずれたが、これはCalculation conditions のアーティフThe ァクトによる possibility もあるものの, the トロポミオシンのアクチン combines the ability to regulate muscle contraction and the influence を with the possibility of えるがある.したがって、isoなったcalculation conditionsでmolecule dynamicsシミュレーションを行いつつ、in The test of vitro is necessary.