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深海底に残されたピロリ菌誕生過程の足跡:祖先型微生物が持つ共生機構の網羅解析

深海海底留下的幽门螺杆菌诞生过程的足迹：综合解析祖先微生物的共生机制

基本信息

批准号：
21658072
负责人：
中川聡
金额：
$ 2.05万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2010
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21658072/
关键词：
深海底熱水孔環境共生生物間相互作用環境応答病原性起源

项目摘要

本研究の目的は、深海底熱水活動域に棲息する共生微生物とそのホスト生物の環境応答機構を遺伝子・タンパク質レベルで網羅解析し、近縁の病原性微生物-ヒトの環境応答機構との比較を通じて病原性微生物の誕生過程に迫ることにある。平成22年度は、計画していた目標を全て達成し、想定以上の成果を得た。本年度は、主にインド洋中央海嶺の深海底熱水活動域に棲息し共生微生物を有する固有巻貝において、その環境応答機構を解析するためのメタトランスクリプトーム解析を実施した。ホスト生物を様々な条件下で船上飼育した後、ポリTカラム等を用いて精製したホスト生物のmRNAを逆転写し、全トランスクリプトーム増幅法によりcDNA調整を行った後、試料識別タグを付加し高速シーケンサーを用いて配列を決定した。その結果、5種類の試料を用いて、計約10.1万リード(計28.6Mb)の発現遺伝子配列を得ることに成功した。各々の船上飼育個体に由来するライブラリーでの出現頻度を比較するのみでなく、前年度に求めた各個体における共生微生物の遺伝子発現様式と相関するものを選択し、ホスト生物において環境変動への適応に特異的な発現様式を示す遺伝子群を同定することに成功している。これらの解析により、共生微生物およびホスト生物両者の環境応答に関わる分子機構を、高解像度な発現遺伝子ネットワークとして表現することが初めて可能となった。以上の結果の一部は、複数の学会等で報告した。

The purpose of this study is to analyze the environmental response mechanisms of symbiotic microorganisms and organisms inhabiting deep seabed hot water activity domains, and to compare the environmental response mechanisms of pathogenic microorganisms in close proximity, so as to facilitate the emergence of pathogenic microorganisms. In 2012, the project was completed and the results were determined. This year, the analysis of the natural habitat and environmental response mechanism of symbiotic microorganisms in the deep seabed hot water activity domain of the Central Ridge of the Central Ocean was carried out. Under the conditions of biological culture, the mRNA of biological culture is refined by using the method of reverse transcription, full amplification, cDNA adjustment, sample identification, and high speed selection. As a result, 5 kinds of samples were successfully used, totaling about 101,000 yuan (28.6Mb). Comparison of the frequency of occurrence of individual species on board, and identification of individual species in previous years, and identification of symbiotic microbial genetic patterns and correlations between species and environmental dynamics, and identification of specific genetic patterns. The molecular structure of symbiotic microorganisms and biological agents is related to the analysis and expression of high resolution microorganisms. The above results are reported in part and in part.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

海洋好熱細菌Nitratiruptor sp.由来アルギン酸リアーゼの性状解析

源自海洋嗜热细菌 Nitratiruptor sp 的藻酸盐裂解酶的表征。

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美;井上晶
通讯作者：
井上晶

Mutation is the Main Driving Force in the Diversification of the Vibrio splendidus Clade.

DOI：
10.1264/jsme2.me09128
发表时间：
2009-12
期刊：
Microbes and environments
影响因子：
2.2
作者：
T. Sawabe;S. Koizumi;Y. Fukui;S. Nakagawa;E. Ivanova;K. Kita-Tsukamoto;K. Kogure;F. Thompson
通讯作者：
T. Sawabe;S. Koizumi;Y. Fukui;S. Nakagawa;E. Ivanova;K. Kita-Tsukamoto;K. Kogure;F. Thompson

南部マリアナトラフにおける生物学・地球化学・地球物理学的研究-YK10-11航海報告-

南马里亚纳海槽的生物、地球化学和地球物理研究-YK10-11航次报告-

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美
通讯作者：
渡部裕美

マナマコ附随性微生物の群集構造解析

大肠杆菌相关微生物的群落结构分析

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sawabe;T.;阿部真理子;渡部裕美;井上晶;榎本雅基
通讯作者：
榎本雅基

Molecular characterization of inorganic sulfur-compounds metabolisms in a deep-sea epsilon-proteobacterium Sulfurovum sp. strain NBC37-1

深海ε-变形菌硫磺菌中无机硫化合物代谢的分子表征。

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
Environmental Microbiology (In press)
影响因子：
0
作者：
Yamamoto;M.
通讯作者：
M.

DOI：
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作者：
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作者：
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作者：
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作者：
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中川聡其他文献

高齢者見守りのためのカウンセリングエージェントとの対話過程におけるQuality of Life推定システムの構築

与辅导员对话过程中构建生活质量评估系统以监测老年人

DOI：
10.20729/00217613
发表时间：
2022
期刊：
情報処理学会論文誌
影响因子：
0
作者：
中川聡;遠藤凌河;成瀬加菜;國吉康夫
通讯作者：
國吉康夫

Simultaneous quantification of seven prostanoids using liquid chromatography/tandem massspectrometry -Application for the prostanoid production of mouse bone marrow-derived mast cells

使用液相色谱/串联质谱法同时定量七种前列腺素 - 在小鼠骨髓源性肥大细胞生产前列腺素中的应用

DOI：
发表时间：
期刊：
Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids (印刷中)
影响因子：
0
作者：
Takai;K.;S.Nakagawa;A.-L.Reysenbach;J.Hoek.;中川聡;中川聡;中川聡;C.J.de Wolf et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Kiyotaka Usui et al.;Kiyotaka Usui et al.;Yoshihisa Tomioka et al.;Naoto Suzuki et al.;Takanori Hishinuma et al.
通讯作者：
Takanori Hishinuma et al.

Simultaneous determination of pancuronium, vecuronium and their related componds using LC-ESI-MS

LC-ESI-MS同时测定泮库溴铵、维库溴铵及其相关化合物

DOI：
发表时间：
2006
期刊：
Leg Med (Tokyo) 8・3
影响因子：
0
作者：
Takai;K.;S.Nakagawa;A.-L.Reysenbach;J.Hoek.;中川聡;中川聡;中川聡;C.J.de Wolf et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Hiroaki Yamaguchi et al.;Kiyotaka Usui et al.;Kiyotaka Usui et al.
通讯作者：
Kiyotaka Usui et al.