Research and development of biological information platform for ChIP-seq analysis using next generation sequencer

使用下一代测序仪进行 ChIP-seq 分析的生物信息平台的研发

• 批准号: 21687001
• 负责人: ITOH Takehiko
• 金额: $ 17.56万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21687001/
• 关键词: バイオインフォマティクス; ChIP-seq解析; ChIP-seq法

We developed a new algorithm for ChIP-seq analysis using next generation sequencer(i. e. Solexa/SOLiD) and targeted genome information, which can be picked up protein binding sites cyclopaedically and quantitatively from the entire genome.

我们开发了一种使用下一代测序仪进行ChIP-seq分析的新算法（即，e. Solexa/SOLiD）和靶向基因组信息，其可以从整个基因组中以cyclopaedically和定量的方式拾取蛋白质结合位点。

项目成果

Chromosome length influences replication-induced topological stress Nature

染色体长度影响复制诱导的拓扑应力 自然

• 发表时间: 2011
• 作者: A. Kegel;H. B. Lindroos;T. Kanno;K. Jeppsson;L. Strom;Y. Katou;T. Itoh;K. Shirahige;et al
• 通讯作者: et al

ATP Hydrolysis Is Required for Relocating Cohesin from Sites Occupied by Its Scc2/4 Loading Complex Curr

将粘连蛋白从其 Scc2/4 负载复合物占据的位点重新定位需要 ATP 水解

• 发表时间: 2011
• 期刊: Biol
• 作者: B. Hu;T. Itoh;A. Mishra;Y. Katoh;K-L. Chan;W. Upcher;C. Godlee;M. B. Roig;K. Shirahige;and K. Nasmyth
• 通讯作者: and K. Nasmyth

Chromosome length influences replication-induced topological stress

• DOI: 10.1038/nature09791
• 发表时间: 2011-03-17
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Kegel, Andreas;Betts-Lindroos, Hanna;Sjogren, Camilla
• 通讯作者: Sjogren, Camilla

Histone and TK0471/TrmBL2 form a novel heterogeneous genome architecture in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis

• DOI: 10.1091/mbc.e10-08-0668
• 发表时间: 2011-02-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL
• 影响因子: 3.3
• 作者: Maruyama, Hugo;Shin, Minsang;Takeyasu, Kunio
• 通讯作者: Takeyasu, Kunio

A positively charged channel within the Smc1/Smc3 hinge required for sister chromatid cohesion EMBO

Smc1/Smc3 铰链内带正电的通道是姐妹染色单体凝聚力 EMBO 所必需的

• 发表时间: 2010
• 作者: A. Kurze;K. A. Michie;S. E. Dixon;A. Mishra;T. Itoh;S. Khalid;L. Strmecki;K. Shirahige;C. H. Hearing;J. Lowe;and K Nasmyth
• 通讯作者: and K Nasmyth