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Research and development of biological information platform for ChIP-seq analysis using next generation sequencer

Research and development of biological information platform for ChIP-seq analysis using next generation sequencer
使用下一代测序仪进行 ChIP-seq 分析的生物信息平台的研发
批准号：
21687001
负责人：
ITOH Takehiko
金额：
$17.56万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
财政年份：
2009
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2009 至 2011
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21687001/
关键词：
バイオインフォマティクスChIP-seq解析ChIP-seq法

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
我们开发了一种新的芯片序列分析算法，使用下一代测序仪(即Solexa/Solid)和目标基因组信息，可以循环和定量地从整个基因组中提取蛋白质结合位点。
英文摘要
We developed a new algorithm for ChIP-seq analysis using next generation sequencer(i. e. Solexa/SOLiD) and targeted genome information, which can be picked up protein binding sites cyclopaedically and quantitatively from the entire genome.
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会议论文
Chromosome length influences replication-induced topological stress Nature
染色体长度影响复制诱导的拓扑应力 自然
DOI： --
发表时间： 2011
期刊：
影响因子： --
作者： [A. Kegel, H. B. Lindroos, T. Kanno, K. Jeppsson, L. Strom, Y. Katou, T. Itoh, K. Shirahige, et al]
通讯作者： et al
ATP Hydrolysis Is Required for Relocating Cohesin from Sites Occupied by Its Scc2/4 Loading Complex Curr
将粘连蛋白从其 Scc2/4 负载复合物占据的位点重新定位需要 ATP 水解
DOI： --
发表时间： 2011
期刊： Biol
影响因子： --
作者： [B. Hu, T. Itoh, A. Mishra, Y. Katoh, K-L. Chan, W. Upcher, C. Godlee, M. B. Roig, K. Shirahige, and K. Nasmyth]
通讯作者： and K. Nasmyth
Chromosome length influences replication-induced topological stress
DOI： 10.1038/nature09791
发表时间： 2011-03-17
期刊： NATURE
影响因子： 64.8
作者： [Kegel, Andreas, Betts-Lindroos, Hanna, Sjogren, Camilla]
通讯作者： Sjogren, Camilla
Histone and TK0471/TrmBL2 form a novel heterogeneous genome architecture in the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis
DOI： 10.1091/mbc.e10-08-0668
发表时间： 2011-02-01
期刊： MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL
影响因子： 3.3
作者： [Maruyama, Hugo, Shin, Minsang, Takeyasu, Kunio]
通讯作者： Takeyasu, Kunio
共 6 条
    Development of novel RNA-seq and assemble method for gene structure annotation
    • 批准号：
      16K14641
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.41万
    • 财政年份：
      2016
    • 负责人：
      ITOH Takehiko
    • 依托单位：
      Tokyo Institute of Technology