Global extractionand analysis of protein tertiary structure patterns

蛋白质三级结构模式的整体提取和分析

基本信息

  • 批准号：
    21700323
  • 负责人：
    HAYASHIDA Morihiro
  • 金额：
    $ 2万
  • 依托单位：
    Kyoto University
  • 依托单位国家：
    日本
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
  • 财政年份：
    2009
  • 资助国家：
    日本
  • 起止时间：
    2009 至 2012
  • 项目状态：
    已结题

项目摘要

We developed a graph compression method that does not depend on implementation, and proposed a similarity measure between graphs. We regarded a distance matrix between Cαatoms of a protein as an image, and proposed a grammar-based image compression method. In addition, we proposed a grammar-based tree compression method. Furthermore, we developed prediction methods using protein domains for protein-protein interactions and protein complexes
我们开发了一种不依赖于实现的图压缩方法，并提出了图之间的相似性度量。我们将蛋白质的Cα原子之间的距离矩阵视为图像，提出了一种基于语法的图像压缩方法。此外，我们提出了一种基于语法的树压缩方法。此外，我们开发了使用蛋白质结构域进行蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质复合物的预测方法

项目成果

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专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using mutual information between domains
利用域之间的互信息预测蛋白质-蛋白质相互作用的条件随机场方法
  • DOI：
  • 发表时间：
    2010
  • 期刊：
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Hayashida;M.;Kamada;M.;Song;J. and Akutsu;T
  • 通讯作者：
    T
A quadsection algorithm for grammar-based image compression
  • DOI：
    10.3233/ica-2012-0389
  • 发表时间：
    2010-06
  • 期刊：
    Integr. Comput. Aided Eng.
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    M. Hayashida;Peiying Ruan;T. Akutsu
  • 通讯作者：
    M. Hayashida;Peiying Ruan;T. Akutsu
Comparing biological networks via graph compression.
  • DOI：
    10.1186/1752-0509-4-s2-s13
  • 发表时间：
    2010-09-13
  • 期刊：
    BMC systems biology
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    Hayashida M;Akutsu T
  • 通讯作者：
    Akutsu T
Discriminative random field approach to prediction of protein residue contacts
Measuring the Similarity of Protein Structures Using Image Compression Algorithms
  • DOI：
    10.1587/transinf.e94.d.2468
  • 发表时间：
    2011-12
  • 期刊：
    IEICE Trans. Inf. Syst.
  • 影响因子：
    0
  • 作者：
    M. Hayashida;T. Akutsu
  • 通讯作者：
    M. Hayashida;T. Akutsu
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Development of protein function prediction methods with global substructures and interaction stochastic models
开发具有全局子结构和相互作用随机模型的蛋白质功能预测方法
  • 批准号：
    16K00392
  • 财政年份：
    2016
  • 资助金额：
    $ 2万
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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作者：{{ showInfoDetail.author }}

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