Development of protein function prediction methods with global substructures and interaction stochastic models

开发具有全局子结构和相互作用随机模型的蛋白质功能预测方法

• 批准号: 16K00392
• 负责人: HAYASHIDA Morihiro
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Matsue National College of Technology (2017-2019)Kyoto University (2016)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K00392/
• 关键词: タンパク質相互作用予測; タンパク質二量体予測; 中央文字列; 文法圧縮; 一般化Series-Parallelグラフ; ラプラス様混合確率分布; EMアルゴリズム; 畳み込みニューラルネットワーク; タンパク質ドメイン; ニューラルネットワーク; タンパク質RNA相互作用; 条件付き確率場; イジングモデル; 一般化series-parallelグラフ; 整数線形計画問題; 宿主病原体相互作用; 局所トポロジー; Dicer切断部位; 三角不等式; タンパク質

项目成果

Finding Median and Center Strings for a Probability Distribution on a Set of Strings Under Levenshtein Distance Based on Integer Linear Programming

• DOI: 10.1007/978-3-319-54717-6_7
• 发表时间: 2016-02
• 作者: M. Hayashida;H. Koyano

Convolutional neural network approach to lung cancer classification integrating protein interaction network and gene expression profiles

• DOI: 10.1142/s0219720019400079
• 发表时间: 2019-06-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY
• 影响因子: 1
• 作者: Matsubara, Teppei;Ochiai, Tomoshiro;Nacher, Jose C.
• 通讯作者: Nacher, Jose C.

Optimal string clustering based on a Laplace-like mixture and EM algorithm on a set of strings

• DOI: 10.1016/j.jcss.2019.07.003
• 发表时间: 2014-11
• 期刊: J. Comput. Syst. Sci.
• 作者: H. Koyano;M. Hayashida;T. Akutsu

Analysis of Critical and Redundant Vertices in Controlling Directed Complex Networks Using Feedback Vertex Sets

• DOI: 10.1089/cmb.2018.0019
• 发表时间: 2018-10-01
• 期刊: JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
• 影响因子: 1.7
• 作者: Bao, Yu;Hayashida, Morihiro;Akutsu, Tatsuya
• 通讯作者: Akutsu, Tatsuya

Grammar-based compression for directed and undirected generalized series-parallel graphs using integer linear programming

使用整数线性规划对有向和无向广义串并联图进行基于语法的压缩

• 发表时间: 2018
• 作者: Hayashida;M.;Koyano;H.;and Akutsu;T.
• 通讯作者: T.