Dynamics of Chromatin Accessibility and Proteome Distribution in Living Cells

活细胞中染色质可及性和蛋白质组分布的动态

• 批准号: 5392142
• 负责人: Professorin Dr. Maria Cristina Cardoso
• 金额: --
• 依托单位: Arbeitsgruppe Cell Biology and Epigenetics
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Priority Programmes
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2009-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5392142?language=en
• 关键词: Dynamics; Chromatin; Accessibility; Proteome; Distribution

Das gemeinsame Thema dieser Zusammenarbeit ist die Mobilität von makromolekularen Komplexen in lebenden Zellen und ihre Interaktion mit aktivem oder inaktivem Chromatin. Unsere vorläufigen Daten zeigen, daß einige GFP Fusionen von chromatindichten Zellkernregionen ausgeschlossen sind und daß diese ungleiche Verteilung aktiv erhalten wird. Wir wollen jetzt untersuchen, ob diese Verteilung von ihrer Größe, Ladung oder Affinität abhängt. Ferner soll untersucht werden, ob diese räumliche Proteinverteilung mit unterschiedlichen Diffusionsraten korreliert und welche Eigenschaften der Chromatinorganisation dafür verantwortlich sind. Wir wollen den Effekt von Transkriptions-aktivierung, DNA Methylierung und Histonmodifikation auf Chromatinstruktur und Zugänglichkeit untersuchen. Wir werden induzierbare Transgene mit zwei verschiedenen Operatorarrays zur Markierung mit grün und rot fluoreszierenden Proteinen herstellen. Die Verwendung von zwei Fluorophoren ermöglicht eine präzise Distanzmessung jenseits der optischen Auflösungsgrenze. Ferner sollen ganze Chromatindomänen markiert werden um deren Größe und Zugänglichkeit in Abhängigkeit von DNA und Histonmodifikationen zu untersuchen. Verschiedene Modifikations-enzyme sollen spezifisch zu diesen markierten Domänen rekrutiert werden. Diese Kooperation soll zum Verständnis der Prinzipien und Effekte der funktionellen Genomorganisation beitragen. Summary: The common goal of this collaboration is to determine the mobility of macromolecular complexes in living cells as well as their access to and their interaction with transcriptionally active or inactive chromatin. Our preliminary data indicate that some GFP fusion proteins are excluded from chromatin dense regions of the nucleus and that this uneven distribution is actively maintained. Now, we want to study whether access to chromatin depends on size, charge or affinity. In addition, we will investigate whether the uneven distribution of proteins in the nucleus correlates with spatial differences in diffusion rates. In parallel, we want to investigate which features of chromatin organisation are responsible for this exclusion. We want to assess the effect of transcriptional activation, DNA methylation and histone modifications on chromatin organisation and accessibility. We will generate inducible transgenes featuring two different operator arrays labelled with green and red fluorescent binding proteins. The use of spectrally distinct fluorophores will allow a precise distance measurement beyond the optical resolution limit. Larger arrays will be used to labelled entire chromatin domains and to determine their size and accessibility as a function of DNA and histone modifications. Different modifying enzymes will be specifically recruited to these labelled domains via the operator arrays. This collaborative project should help to elucidate the principles and effects of functional genome organisation.

在染色质的基础上，我们可以使用相同的技术来移动和控制染色质。从现在开始，我们将继续努力，为您提供更好的服务。我们不是所有的人，而是所有的人都是这样的。这是一种新的、不同于传统的地衣技术和方法。我们的DNA和DNA的甲基化和组织修饰来自于染色体和Zugänglichkeit unterushen。我们是工业转基因的MIT zwei verschiedenen操作员阵列Zur Markierung MIT Grün和Root Folressierenden Proteinen Herstellen。您的位置：我也知道>教育/科学>荧光学>。Ferner Sollen ganze Chromatindomänen markiert um deren Gröçe und Zugänglichkeit in ABHänGigkeit von DNA and Organondifikationen en zu unteruchenen.Verschiedene修饰-Sollen spzifisch zu diesen markierten Domänen rekrutiert。您的位置：我也知道>教育/科学>教育/科学>科学与技术>。摘要：这项合作的共同目标是确定活细胞中大分子复合体的流动性，以及它们与转录活性或非活性染色质的接触和相互作用。我们的初步数据表明，一些GFP融合蛋白被排除在核染色质密集区域之外，并且这种不均匀的分布被积极地维持着。现在，我们想要研究染色质的获取是否取决于大小、电荷或亲和力。此外，我们还将调查蛋白质在细胞核中的不均匀分布是否与扩散速度的空间差异有关。同时，我们希望调查染色质组织的哪些特征是造成这种排除的原因。我们想要评估转录激活、DNA甲基化和组蛋白修饰对染色质组织和可及性的影响。我们将产生可诱导的转基因，具有两个不同的操纵子阵列，标记有绿色和红色荧光结合蛋白。使用光谱不同的荧光团将允许在光学分辨率极限之外进行精确的距离测量。更大的阵列将被用来标记整个染色质结构域，并根据DNA和组蛋白的修饰来确定它们的大小和可及性。不同的修饰酶将通过操作者阵列被特异性地招募到这些标记的结构域。这一合作项目应该有助于阐明功能基因组组织的原理和作用。