Structural analysis of supra-biomolecules by using ion mobility mass spectrometry

使用离子淌度质谱法进行超生物分子的结构分析

• 批准号: 22570120
• 负责人: AKASHI Satoko
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22570120/
• 关键词: 質量分析; タンパク質; 生体分子; 分析科学; 蛋白質

Structural study of supra-biomoleculeswere executed by using ion mobility mass spectrometry (IM-MS), which provides not only of masses but also of collision cross-sections of the supra-biomolecules. Since IM-MS is applicable to theprotein complexes that are difficult to crystallize, it was possible to analyze theirstability and conformational alteration by IM-MS. In the present study, a calculation method of collision cross sectionsof dummy residue models for noncrystallizable supra-biomolecules was established.In addition, it was proved by IM-MS and molecular dynamics (MD) simulation that behaviors of the folded and unfolded regions in the gas phase were remarkably varied.

超生物分子的结构研究采用离子迁移率质谱法（IM-MS）进行，该方法不仅提供了超生物分子的质量，还提供了超生物分子的碰撞截面。由于IM-MS适用于难以结晶的蛋白质复合物，因此可以通过IM-MS分析其稳定性和构象变化。本文建立了一种非结晶超生物分子假残基模型碰撞截面的计算方法。此外，通过IM-MS和分子动力学（MD）模拟证明，折叠区和未折叠区在气相中的行为发生了显著变化。

项目成果

質量分析によるタンパク質複合体の相互作用解析

通过质谱法分析蛋白质复合物的相互作用

• 发表时间: 2011
• 作者: Shingo Shimoyama;Yuuki Asano;Kyohei Takahashi;Kazumi Saikusa;Aritaka Nagadoi;Hiroaki Tachiwana;Hitoshi Kurumizaka;Yoshifumi Nishimura;Satoko Akashi;明石知子
• 通讯作者: 明石知子

試料分析講座タンパク質分析、日本分析化学会編5.3タンパク質複合体のネイティブ質量分析

样品分析课程《蛋白质分析》，日本分析化学会编 5.3 蛋白质复合物的天然质谱分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Naohiro Kodama;Yuuka Hirao;Nonyuki Iwasaki;Yoshiyuki Itoh;Yoshifumi Nishimwa;Satoko Akastu;明石知子;明石知子;明石知子;明石知子
• 通讯作者: 明石知子

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Characterization of IDPs by Mass Spectrometry and MD simulation

通过质谱和 MD 模拟表征 IDP

• 发表时间: 2013
• 作者: Seino;S.;Tanaka;Y.;Honma;T.;Yanaka;M.;Sato;K.;Shinohara;N.;Ito;J.;Tsuduki;T.;Nakagawa;K.;Miyazawa;T.;Ikeda;I.;Satoko Akashi
• 通讯作者: Satoko Akashi

イオンモビリティ質量分析によるIDPの構造解析-Swi5-Sfr1の気相中での構造-

通过离子淌度质谱法分析 IDP 的结构 - Swi5-Sfr1 气相结构 -

• 发表时间: 2012
• 作者: 七種和美;明石知子
• 通讯作者: 明石知子