Theoretical investigations of the molecular recognition of peptid nuclein acids

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Alanyl-Peptid-Nuclein-Säuren (Alanyl-PNA) sind hervorragende Modellsysteme zur Untersuchung der Replikation und Transkription von DNA und RNA. Im vorliegenden Projekt werden wir durch Berechnungen zur umfassenden Charakterisierung der Alanyl-PNA beitragen und bei der Entwicklung neuer Experimente helfen. In unseren Arbeiten wird die relative Bedeutung der unterschiedlichen Wechselwirkungen (Wasserstoffbrückenbindungen, Stapelungseffekte, Lösungsmitteleffekte, Einfluß des Alanyl-PNA-Rückgrats) für die Stabilität der Alanyl-PNA-Dimere im Vordergrund stehen. Die Berechnungen sollen mit Hilfe eines zu Beginn des Projekts erarbeiteten verbesserten theoretischen Modells durchgeführt werden. Da die molekulare Erkennung der Alanyl-PNA aufgrund der geringeren topologischen Restriktionen die Basenaffinität der Nucleinbasen hervorragend widerspiegelt, werden unsere Arbeiten ebenfalls zu einem besseren Verständnis der Prozesse führen, an denen die DNA oder RNA beteiligt sind.