Exploring population-specific adaptive genes in the non-model fish species : comprehensive gene expression and population genomic analyses

探索非模型鱼类中种群特异性的适应性基因：综合基因表达和种群基因组分析

• 批准号: 22780180
• 负责人: KOKITA Tomoyuki
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Fukui Prefectural University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22780180/
• 关键词: 適応進化; 魚類; 海洋生態系; 網羅的遺伝子発現; 自然淘汰; 変動環境; 遺伝子発現

To detect candidate genes that caused adaptive divergence in natural populations, a screening method of comprehensive gene expression divergence for the non-model species was investigated using the anadromous goby Leucopsarion petersii as a model system. Limited transcriptome profiles obtained by an AFLP-based gene expression profiling method called"high coverage expression profiling(HiCEP)"were compared between the Japan Sea and Pacific Ocean populations of this species. Some genes showed striking and stable expression differences between these populations. Thus, this study clarified that HiCEP is a useful method for exploring gene expression divergence in the nonmode l species whose genomic information is not available.

为了检测自然群体中引起适应性分化的候选基因，以溯河产卵虾虎鱼Lucopsarion petersii为模型系统，研究了非模式物种综合基因表达趋异的筛选方法。通过基于 AFLP 的基因表达谱方法（称为“高覆盖度表达谱（HiCEP）”）获得的有限转录组谱在该物种的日本海和太平洋种群之间进行了比较。一些基因在这些群体之间表现出显着且稳定的表达差异。因此，本研究阐明 HiCEP 是探索基因组信息不可用的非模式物种中基因表达差异的有用方法。

项目成果

自然集団の適応的分化の検出-モデル系としての日本在来魚-

自然种群适应性分化的检测-以日本本土鱼类为模型系统-

• 发表时间: 2010
• 期刊: 月刊海洋
• 作者: 小北智之;山平寿智
• 通讯作者: 山平寿智

湖沼適応と関連した網羅的遺伝子発現パターンの変化:タモロコ属魚類の場合

与湖泊适应相关的综合基因表达模式的变化：以 Tamoroko 属鱼类为例

• 发表时间: 2011
• 作者: Ikeuchi;M.;小北智之・熊田裕喜・柿岡諒・奥田昇
• 通讯作者: 小北智之・熊田裕喜・柿岡諒・奥田昇

琵琶湖適応遺伝子の探索:タモロコ属ペア種を用いた比較トランスクリプトーム解析

寻找适应琵琶湖的基因：使用 Tamoroko 属配对物种进行比较转录组分析

• 发表时间: 2010
• 作者: 熊田裕喜;奥田昇;小北智之
• 通讯作者: 小北智之

歴史的変動海洋環境におけるシロウオ集団の適応的分化-エコゲノミクスからのアプローチ-

历史变化的海洋环境中白鲑种群的适应性分化 - 生态基因组学的方法 -

• 发表时间: 2010
• 期刊: 月刊海洋 42巻
• 作者: 小北智之;山平寿智;小北智之
• 通讯作者: 小北智之

Phylogeography and historical demography of the anadromous fish Leucopsarion petersii in relation to geological history and oceanography around the Japanese Archipelago

• DOI: 10.1111/j.1365-294x.2010.04920.x
• 发表时间: 2011-01
• 期刊: Molecular Ecology
• 影响因子: 4.9
• 作者: T. Kokita;K. Nohara