特定地域に集中する疾患関連遺伝子の同定

特定地域に多発的に発症するサルコイドーシス患者(サ症)70症例由来の末梢血検体DNAを使用し、Affymetrix社製GeneChip (Genome-Wide Human SNPAnay 6.0)を用いて、全ゲノムSNP解析を施行した。まず始めに、サ症患者群のグループ分けを目的とし、得られたGeneChip解析情報からCopy Number Variation(CNV)解析およびLoss Of Heterozygosity(LOH)解析を行った。コントロール群として、同地域由来の健常人100例由来のGeneChip解析データを使用した。その結果、コントロール群と比較しサ症患者群にコピー数減少領域(3q26)が存在する事が明らかとなった。また、同領域以外にも別の染色体上に幾つかのコピー数増加領域の存在や(4q28,9p23等)、幾つかの共通LOH領域が存在する事が分かった。さらに、これらの結果から3～4の患者グループが存在する可能性が示唆された。今後は、このCNV/LOH解析結果によるコピー数減少領域上に存在する候補遺伝子群の発現量と疾患との関連性を調べると共に、GeneChipデータを基にグループ化によるゲノムワイドの解析(ホモ接合ハプロタイプ解析および同法をゲノムワイドに応用したqHomozygosityMapping法)を行い、SNP情報に基づいた疾患責任遺伝子領域の同定を試みる予定である。

特定地域に多発的に発症するサルコイドーシス患者(サ症)70症例由来の末梢血検体DNAを使用し、Affymetrix社製GeneChip (Genome-Wide Human SNPAnay 6.0)を用いて、全ゲノムSNP解析を施行した。まず始めに、サ症患者群のグループ分けを目的とし、得られたGeneChip解析情報からCopy Number Variation(CNV)解析およびLoss Of Heterozygosity(LOH)解析を行った。コントロール群として、同地域由来の健常人100例由来のGeneChip解析データを使用した。その結果、コントロール群と比較しサ症患者群にコピー数減少領域(3q26)が存在する事が明らかとなった。また、同領域以外にも別の染色体上に幾つかのコピー数増加領域の存在や(4q28,9p23等)、幾つかの共通LOH領域が存在する事が分かった。さらに、これらの結果から3～4の患者グループが存在する可能性が示唆された。今後は、このCNV/LOH解析結果によるコピー数減少領域上に存在する候補遺伝子群の発現量と疾患との関連性を調べると共に、GeneChipデータを基にグループ化によるゲノムワイドの解析(ホモ接合ハプロタイプ解析および同法をゲノムワイドに応用したqHomozygosityMapping法)を行い、SNP情報に基づいた疾患責任遺伝子領域の同定を試みる予定である。