Analysis of gene expression network of natural and artificial allotetraploids using next generation sequencers

使用下一代测序仪分析天然和人工异源四倍体的基因表达网络

• 批准号: 22687021
• 负责人: OSADA Naoki
• 金额: $ 13.98万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22687021/
• 关键词: ゲノム; 異質倍数体; トランスクリプトーム; ゲノム進化; 遺伝子発現; 進化; 植物

Understanding the interaction between two different genomes is important issue in evolutionary biology research, especially when the two genomes were incorporated into the same organisms. I analyzed the genomic and expression properties of recently established natural allotetraploid plants, of which parental species are relative to the model species Arabidopsis thaliana. Using massively parallel sequencers, genome sequences of parental species and transcriptome data of allotetraploid species were studied.

理解两个不同基因组之间的相互作用是进化生物学研究中的重要问题，特别是当两个基因组被整合到同一生物体中时。我分析了最近建立的天然异源四倍体植物的基因组和表达特性，其中亲本物种是相对于模式物种拟南芥。使用大规模并行测序仪，研究了亲本物种的基因组序列和异源四倍体物种的转录组数据。

项目成果

Whole-genome sequencing and analysis of the Malaysian cynomolgus macaque (Macaca fascicularis) genome.

• DOI: 10.1186/gb-2012-13-7-r58
• 发表时间: 2012-07-02
• 期刊: Genome biology
• 影响因子: 12.3
• 作者: Higashino A;Sakate R;Kameoka Y;Takahashi I;Hirata M;Tanuma R;Masui T;Yasutomi Y;Osada N
• 通讯作者: Osada N

機能喪失とCpG サイトの崩壊による旧世界ザルCYP1A2 遺伝子の高い遺伝的多様性

由于功能丧失和 CpG 位点崩溃，旧世界猴 CYP1A2 基因具有高度遗传多样性

• 发表时间: 2011
• 作者: 長田直樹;宇野泰広
• 通讯作者: 宇野泰広

Inference of population history using a single genome data

使用单个基因组数据推断人口历史

• 发表时间: 2011
• 作者: Osada;N.
• 通讯作者: N.

Novel DNA sequence isolated from blood donors with high transaminase levels

从转氨酶水平较高的献血者中分离出的新 DNA 序列

• DOI: 10.1111/j.1872-034x.2011.00848.x
• 发表时间: 2011
• 期刊: Hepatol.Res.
• 作者: Sato;et al
• 通讯作者: et al

ヒトは病気とともに進化した

人类是随着疾病而进化的

• 发表时间: 2013
• 作者: 長岡朋人（太田博樹，長谷川真理子編）