Comprehensive analysis of miRNA promoters

miRNA启动子综合分析

• 批准号: 22710189
• 负责人: KAWAJI Hideya
• 金额: $ 2.5万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22710189/
• 关键词: miRNA; primary transcript; promoter; transcriptome; transcriptional regulation; small RNA; next generation sequencer; primary miRNA; non-coding RNA; プロモータ; 転写開始点; RNA silencing; RNA干渉; primary miRN; ncRNA

We performed siRNA knockdown experiments against factors contributing the miRNA biogenesis, and profiled nuclear RNA with high-throughput sequencing technologies. With HeliScopeCAGE that profile TSS activities quantitatively, we identified 24 promoters on sixty miRNAs. With RNA-seq, we identified more than half of the 24 miRNA promoters.

我们针对miRNA生物发生的相关因素进行了siRNA敲除实验，并利用高通量测序技术对核RNA进行了分析。利用HeliScopeCAGE对TSS活性进行了定量分析，我们在60个miRNAs上鉴定了24个启动子。通过RNA-seq，我们鉴定了24种miRNA启动子中的一半以上。

项目成果

Alternative structures of primary miRNAs

初级 miRNA 的替代结构

• 发表时间: 2011
• 作者: Bryant N;Lloyd J;Sweeney C;Myouga F;Meinke D.;川路英哉
• 通讯作者: 川路英哉

網羅的なRNAの同定、定量、ネットワーク解析における計算機解析

用于综合 RNA 鉴定、定量和网络分析的计算机分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Peng L;Fukao Y;Myouga F;Motohashi R;Shinozaki K;Shikanai T;川路英哉
• 通讯作者: 川路英哉

Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing

高通量测序揭示初级 microRNA 的替代结构

• 发表时间: 2011
• 作者: Liu N.;Matsumoto M.;Kitagawa K.;Kotake Y.;Suzuki S.;Shirasawa S.;Nakayama KI;Nakanishi M.;Niida H.;Kitagawa M.;川路英哉
• 通讯作者: 川路英哉

Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throug hput sequencing

高通量测序揭示初级 microRNA 的替代结构

• 发表时间: 2011
• 作者: Matsuzaki;F.;Shirane;M.;Matsumoto;M.;& Nakayama;K.I;川路英哉
• 通讯作者: 川路英哉