Functional genome analysis of the uncultivated baterial symbiont of the deep-sea tube worm Riftia pachyptila

深海管虫 Riftia pachyptila 未培养的细菌共生体的功能基因组分析

• 批准号: 5402344
• 负责人: Professor Dr. Thomas Schweder
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Pharmazie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2011-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5402344?language=en
• 关键词: Functional; genome; analysis; uncultivated; baterial

Der Röhrenwurm Riftia pachyptila ist ein Hauptbesiedler der Hydrothermalquellen des östlichen Pazifik und beherbergt eine dichte Population von endosymbiontischen sulfidoxidierenden Bakterien in seiner Körperhöhle. Die chemoautotrophen Symbionten spielen eine zentrale Rolle bei der Ernährung ihres Wirtstieres, welches selbst kein Verdauungssystem besitzt. Wegen fehlender Kultivierungsmöglichkeiten ist eine Charakterisierung der monospezifischen Symbionten sowie der Wirt-Bakterien-Interaktionen bislang nur beschränkt möglich. Die vollständige Genomsequenzierung der Symbionten von R. pachyptila ermöglicht neue Ansätze in der Erforschung der physiologischen Potenziale der Bakterien und liefert die Grundlage für das geplante Projekt. Mit Hilfe von modernen Methoden der funktionellen Genomanalyse wird angestrebt, die Genexpression der Symbionten unter definierten Umweltbedingungen zu analysieren. Dazu sollen das cytoplasmatische und das extrazelluläre Proteom des bakteriellen Symbionten analysiert werden. Die hohe Auflösung 2-dimensionaler Proteinelektrophoresegele und die nachfolgende Proteinidentifizierung mit Hilfe von MALDI-TOF-Massenspektrometrie ermöglichen die globale Charakterisierung differentiell exprimierter Gene. Weiterhin soll die mRNA-Abundanz umweltregulierter Gene durch den Einsatz von DNA-Arrays analysiert werden. Aus den Ergebnissen dieser Forschung wird ein besseres Verständnis der molekularen Grundlagen der Entstehung und der Wirt-Bakterien-Wechselwirkungen der R. pachyptila-Symbiose erhofft.

Riftia pachyptila是一种利用水热方法清除寄生菌的高级生物，并可作为内共生菌的一种优势种群 硫氧化物的分解。化学自营养体共生体在其胃肠道中起着中心作用，但它本身并不是一个完整的系统。Wegen fehlender Kultivierungsmöglichkeiten ist eine Charakterisierung der monospezifischen Symbionten sowie der Wirt-Bakterien-Interaktionen bislang努尔beschränkt möglich. Die vollständige Genomsequenzierung der Symbionten von R. pachyptila ermöglicht neue Ansätze in der Erforschung der physiologischen Potenziale der Bakterien und liefert die Grundlage für das geplante Projekt.现代功能性基因组分析方法的帮助将使我们感到不安，共生体的基因表达将无法确定。因此我们需要对细胞质和细胞外蛋白质进行韦尔登分析。利用MALDI-TOF-质谱法对差异表达基因的整体特征进行二维蛋白质电泳和后续蛋白质鉴定。通过韦尔登分析，获得了特异性调节基因的mRNA丰度。通过这些研究，我们可以更好地理解R.厚羽藻属

项目成果

Metaproteomics of a gutless marine worm and its symbiotic microbial community reveal unusual pathways for carbon and energy use

• DOI: 10.1073/pnas.1121198109
• 发表时间: 2012-05-08
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Kleiner, Manuel;Wentrup, Cecilia;Dubilier, Nicole
• 通讯作者: Dubilier, Nicole

Physiological homogeneity among the endosymbionts of Riftia pachyptila and Tevnia jerichonana revealed by proteogenomics

• DOI: 10.1038/ismej.2011.137
• 发表时间: 2012-04-01
• 期刊: ISME JOURNAL
• 影响因子: 11
• 作者: Gardebrecht, Antje;Markert, Stephanie;Schweder, Thomas
• 通讯作者: Schweder, Thomas