Conformational change of DNA bound to transcription factor response to environmental change

与转录因子结合的 DNA 构象变化对环境变化的反应

• 批准号: 23570136
• 负责人: KOBAYASHI Kazuo
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23570136/
• 关键词: 転写因子; 活性酸素; 鉄イオウクラスター; プロモーター; DNA; パルスラジオリシス; 一酸化窒素; ＤＮＡ; 酸化ストレス; スーパーオキサイド; 酸化還元

The [2Fe-2S] transcriptional factor SoxR functions as a sensor of oxidative stress in Escherichia coli. In the oxidized state, transcription is activated by distorting the target DNA promoter region to initiate transcription by RNA polymerase, while the inactive reduced state of the protein remains uncharacterized. The redox-dependent conformational change of the promoter DNA was directly observed by site-specifically replacing the adenine and cytosine bases of the promoter oligonucleotide with the fluorescent probes 2-aminopurine (2Ap) and pyrrolo-dC, respectively. Reduction of the [2Fe-2S] cluster in SoxR-DNA complex dramatically weakened the fluorescence intensity of the 2Ap moieties incorporated into the central part of the DNA. These results strongly suggested that the redox change caused a large conformational change within the region confined to the central A-T base pairs in the promoter region of the DNA.

[2Fe-2S]转录因子SoxR在大肠杆菌中作为氧化应激的感受器发挥作用。在氧化状态，转录是通过扭曲目标DNA启动子区域来激活的，以启动RNA聚合酶的转录，而蛋白质的非活性还原状态仍然没有特征。通过用荧光探针2-氨基嘌呤(2AP)和吡咯-DC分别定点替换启动子寡核苷酸的腺嘌呤和胞嘧啶碱基，直接观察到启动子DNA氧化还原依赖的构象变化。SoxR-DNA复合体中[2Fe-2S]团簇的减少显著减弱了DNA中心部分结合的2AP部分的荧光强度。这些结果有力地表明，氧化还原的变化导致了DNA启动子区域中心A-T碱基对区域内的大的构象变化。

项目成果

鉄イオウタンパク質(SoxR)におけるジニトロシル鉄錯体の生成初期過程

铁硫蛋白（SoxR）中二亚硝基铁络合物形成的初始过程

• 发表时间: 2014
• 作者: 藤川麻由;小林一雄;古澤孝弘
• 通讯作者: 古澤孝弘

The Initial Events in the Reaction of NO with [2Fe-2S] Cluster of SoxR Protein

NO与SoxR蛋白[2Fe-2S]簇反应的初始事件

• 发表时间: 2013
• 作者: Mayu Fujikawa;Kazuo Kobayashi;Takahiro Kozawa.
• 通讯作者: Takahiro Kozawa.

酸化ストレスに応答する転写因子SoxRとスーパーオキサイドアニオンとの反応

转录因子 SoxR 与超氧阴离子响应氧化应激的反应

• 发表时间: 2012
• 作者: 藤川麻由;小林一雄;古澤孝弘
• 通讯作者: 古澤孝弘

[2Fe-2S]クラスターを持つ転写因子SoxRのスーパーオキサイドとの反応性とその生理的意義

转录因子SoxR与[2Fe-2S]簇与超氧化物的反应性及其生理意义

• 发表时间: 2012
• 作者: 藤川麻由;小林一雄;古澤孝弘
• 通讯作者: 古澤孝弘

パルスラジオリシス法を用いた活性酸素に応答する転写因子(SoxR)の酸化還元挙動

使用脉冲放射分解法研究转录因子 (SoxR) 响应活性氧的氧化还原行为

• 发表时间: 2011
• 作者: 藤川麻由;小林一雄;古澤孝弘
• 通讯作者: 古澤孝弘