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Mechanism in Regulation of Transcription Factor containing Fe-S Clusters Sensing Oxidative Stress

Mechanism in Regulation of Transcription Factor containing Fe-S Clusters Sensing Oxidative Stress
含Fe-S簇的转录因子感知氧化应激的调控机制
批准号：
19570128
负责人：
KOBAYASHI Kazuo
金额：
$2.83万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19570128/
关键词：
遺伝子ストレス放射線X線粒子線生物物理シグナル伝達転写因子酸化ストレスDNA鉄イオウクラスター酸化還元X線結晶解析

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本研究ではバクテリアにおけるSoxRの多様な生理機能を分子レベルで解明することを目的として、構造生物学的手法による研究として、X線構造解析により大腸菌SoxRの酸化ストレスを感知する機構や酸化還元によりおこる構造変化と、機能発現を原子レベルで解明した。SoxR-DNAの複合体では2.8A、SoxRでは3.2 Aの分解能の結果が得られた。全体の構造はバクテリアの水銀解毒に働く転写因子であるMerR familyとよく似た構造を示し、センサー部位である鉄イオウクラスタードメイン、DNA結合ドメイン、ダイマー生成ドメインから成ることが分かった。DNAが結合すると、DNA結合ドメイン約9o, 鉄イオウクラスターが約6o外側に傾き、全体として大きく構造変化した。酸化ストレスセンサー部位である鉄イオウクラスターは完全に溶媒に露出し非対称の環境にあり、もう一方のサブユニットと相互作用し安定化している。この非対称の環境の酸化還元によりタンパク質の構造変化とプロモーターとの相互作用が変化すると考えられるSoxRに結合したDNAはワトソンークリック相互作用を保持したまま折れ曲がり、20塩基の長さが1塩基分だけ短くなり、その結果転写が活性化される。以上のX線構造解析により大腸菌SoxRの酸化ストレスを感知する機構および酸化還元によりおこる構造変化を解明した
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会议论文
Function of a bound ubiquinone in Escherichia coli quinoprotein glucose dehydrogenase
结合泛醌在大肠杆菌醌蛋白葡萄糖脱氢酶中的功能
DOI： --
发表时间： 2009
期刊： BioFactors 32
影响因子： --
作者： [G. Mustafa, Y. Ichikawa, K. Kobayashi, C. T. Migita, S. Tagawa, and M. Yamada]
通讯作者： and M. Yamada
Electron transfer Processes in Subunit I Mutants of Cytochrome bo Quinol Oxidase from Escherichia coli
大肠杆菌细胞色素 bo 喹啉氧化酶亚基 I 突变体中的电子转移过程
DOI： --
发表时间：
期刊： Biosci. Biotechnol. Biochem (in press)
影响因子： --
作者： [K. Kobayashi, S. Tagawa, and T. Mogi]
通讯作者： and T. Mogi
Crystal structure of the [2Fe-2S] oxidative-stress sensor SoxR bound to DNA
DOI： 10.1073/pnas.0709188105
发表时间： 2008-03
期刊： Proceedings of the National Academy of Sciences
影响因子： --
作者： [Satoshi Watanabe;A. Kita;Kazuo Kobayashi;K. Miki]
通讯作者： Satoshi Watanabe;A. Kita;Kazuo Kobayashi;K. Miki
Dynamics of Excess Electron in Duplex DNA Studied by Pulse Radiolysis
脉冲放射分解研究双链 DNA 中多余电子的动力学
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： [R. Yamagami, K. Kobayashi, and S. Tagawa]
通讯作者： and S. Tagawa
共 18 条
    Analysis of B. subtilis biofilm formation
    • 批准号：
      24580113
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $3.49万
    • 财政年份：
      2012
    • 负责人：
      KOBAYASHI Kazuo
    • 依托单位：
      Nara Institute of Science and Technology
    Conformational change of DNA bound to transcription factor response to environmental change
    • 批准号：
      23570136
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $3.33万
    • 财政年份：
      2011
    • 负责人：
      KOBAYASHI Kazuo
    • 依托单位：
      Osaka University
    Formation and Development Process of Imperial Rule Assistance Association Movement during Japanese Occupation in Asia: A Case Study in Java
    • 批准号：
      22530518
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $2.66万
    • 财政年份：
      2010
    • 负责人：
      KOBAYASHI Kazuo
    • 依托单位：
      Soka University
    The molecular mechanism of host responses against cell wall components of mycobacteria
    海外基金