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RNA-protein interaction prediction based on machine learning and optimization

基于机器学习和优化的RNA-蛋白质相互作用预测

基本信息

批准号：
23650153
负责人：
SEKI Hiroyuki
金额：
$ 2.33万
依托单位：
Nara Institute of Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

From a viewpoint of RNA sequenceanalysis, we first developed a mathematical method for predicting complex folding structures of an RNA when its single sequence is given. We then developed a computational method for aligning and folding multiple RNA sequences simultaneously. All of these methods were validated on real biological data, achieving fast run-time and goodprediction accuracy at least comparable to those of earlier methods. The proposed technologies are expected to provide a good practical foundation for RNA-protein interaction prediction.

从RNA序列分析的角度，我们首次提出了一种在给定单个序列的情况下预测RNA复杂折叠结构的数学方法。然后，我们开发了一种计算方法，用于同时比对和折叠多个RNA序列。所有这些方法都在真实的生物数据上进行了验证，获得了快速的运行时间和良好的预测精度，至少可以与以前的方法相媲美。所提出的技术有望为RNA-蛋白质相互作用预测提供良好的实用基础。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

実験医学増刊号、使えるデータベース・ウェブツール、第４章第８節「二次構造に基づくRNA配列解析ソフトウェアの進展」

实验医学特刊，可用数据库和网络工具，第 4 章第 8 节“基于二级结构的 RNA 序列分析软件的进展”

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yamaguchi;K.;Takahashi;S. and Sakurai;Y;加藤有己
通讯作者：
加藤有己

Fast and accurate prediction of RNA-RNA interactions using integer programming

使用整数规划快速准确地预测 RNA-RNA 相互作用

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kengo Sato;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu;Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara;Chikara Furusawa;Yuki Kato;古澤力;Yuki Kato;古澤力;Yuki Kato
通讯作者：
Yuki Kato

fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming

使用整数规划快速准确地预测 RNA 2D 结构的工具

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
Nucleic Acids Research
影响因子：
14.9
作者：
Yuki Kato;Kengo Sato;Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu
通讯作者：
Kiyoshi Asai and Tatsuya Akutsu

RNA structural alignment using dual decomposition

使用对偶分解进行 RNA 结构比对

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kengo Sato;Yuki Kato;Tatsuya Akutsu;Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara;Chikara Furusawa;Yuki Kato
通讯作者：
Yuki Kato

A comparative approach to RNA pseudoknotted structure prediction based on multiple context-free grammar

基于多重上下文无关语法的RNA假结结构预测比较方法

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kawahara-Kobayashi A;Masuda A;Araiso Y;Sakai Y;Kohda A;Uchiyama M;Asami S;Matsuda T;Ishitani R;Dohmae N;Yokoyama S;Kigawa T;Nureki O;Kiga D;Hiroyuki Seki
通讯作者：
Hiroyuki Seki