情報学的手法に基づく受容体に対するリガンド機能の包括的解析

基于信息学方法的受体配体功能综合分析

• 批准号: 11J03990
• 负责人: 白石 慧
• 金额: $ 0.83万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J03990/
• 关键词: GPCR; 機械学習; Poly-pharmacology; multi-target

GPCRに関してアゴニスト/アンタゴニスト/非リガンドの階層多クラス判別モデルの構築を行った。モデルはGPCRのリガンド結合部位を含む膜貫通領域の物理化学的特性に基づき構築することでこれまでのCGBVS法よりも予測精度の高い予測器の構築を行うことができた。また、本モデルは相互作用部位の特徴抽出が可能な記述子を用いているが、β2アドレナリン結晶構造中で結合の見られた化合物部分構造とアミノ酸残基はいずれも相互作用部位として本手法で抽出することができた。以上の成果については現在Journal of Chemical Informatics And Modellingに投稿中である。また、GPCRと内因性リガンドに着目し、GPCR-内因性リガンド間の相互作用を網羅的に予測、検証実験を行い、15を超える新規アゴニスト/アンタゴニストを同定した。上記の成果は現在論文を執筆しており、発表予定である。

GPCR is related to the construction of hierarchical multi-class discriminators. The CGBVS method is used to construct a sensor with high prediction accuracy. The interaction site of the compound was extracted by the method. The above results are now published in Journal of Chemical Informatics And Modelling. GPCR-intrinsic interaction, GPCR-intrinsic interaction, prediction, detection, and 15-step new regulation. The results of the paper are now written, and the table is predetermined.

项目成果

Chemical genomic analysis of cross-reactivity in endogenous GPCR-mediated pathways

内源 GPCR 介导途径中交叉反应性的化学基因组分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Shiraishi;A.; Niijima;S.; Okuno;Y.
• 通讯作者: Y.

Chemical genomics analysis of polypharmacological networks between endogenous ligands and GPCRs

内源配体和 GPCR 之间多药理学网络的化学基因组学分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Shiraishi A.;Niijima S.;Okuno Y.
• 通讯作者: Okuno Y.