情報学的手法に基づく受容体に対するリガンド機能の包括的解析
情報学的手法に基づく受容体に対するリガンド機能の包括的解析
基于信息学方法的受体配体功能综合分析
批准号：
11J03990
负责人：
白石 慧
金额：
$0.83万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2011 至 2012
中文摘要
翻译
GPCRに関してアゴニスト/アンタゴニスト/非リガンドの階層多クラス判別モデルの構築を行った。モデルはGPCRのリガンド結合部位を含む膜貫通領域の物理化学的特性に基づき構築することでこれまでのCGBVS法よりも予測精度の高い予測器の構築を行うことができた。また、本モデルは相互作用部位の特徴抽出が可能な記述子を用いているが、β2アドレナリン結晶構造中で結合の見られた化合物部分構造とアミノ酸残基はいずれも相互作用部位として本手法で抽出することができた。以上の成果については現在Journal of Chemical Informatics And Modellingに投稿中である。また、GPCRと内因性リガンドに着目し、GPCR-内因性リガンド間の相互作用を網羅的に予測、検証実験を行い、15を超える新規アゴニスト/アンタゴニストを同定した。上記の成果は現在論文を執筆しており、発表予定である。
英文摘要
GPCRに関してアゴニスト/アンタゴニスト/非リガンドの階層多クラス判別モデルの構築を行った。モデルはGPCRのリガンド結合部位を含む膜貫通領域の物理化学的特性に基づき構築することでこれまでのCGBVS法よりも予測精度の高い予測器の構築を行うことができた。また、本モデルは相互作用部位の特徴抽出が可能な記述子を用いているが、β2アドレナリン結晶構造中で結合の見られた化合物部分構造とアミノ酸残基はいずれも相互作用部位として本手法で抽出することができた。以上の成果については現在Journal of Chemical Informatics And Modellingに投稿中である。また、GPCRと内因性リガンドに着目し、GPCR-内因性リガンド間の相互作用を網羅的に予測、検証実験を行い、15を超える新規アゴニスト/アンタゴニストを同定した。上記の成果は現在論文を執筆しており、発表予定である。
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会议论文
Chemical genomic analysis of cross-reactivity in endogenous GPCR-mediated pathways
内源 GPCR 介导途径中交叉反应性的化学基因组分析
内源 GPCR 介导途径中交叉反应性的化学基因组分析
DOI：
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Shiraishi, A.; Niijima, S.; Okuno, Y.]
通讯作者：
Y.
Chemical genomics analysis of polypharmacological networks between endogenous ligands and GPCRs
内源配体和 GPCR 之间多药理学网络的化学基因组学分析
内源配体和 GPCR 之间多药理学网络的化学基因组学分析
DOI：
--
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Shiraishi A., Niijima S., Okuno Y.]
通讯作者：
Okuno Y.
機械学習を用いたGPCRの新たなペプチドリガンド選択性とその決定因子の解明
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批准号：24K09428
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$2.91万
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财政年份：2024
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负责人：白石 慧
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依托单位：
機械学習からの特徴抽出法を用いた多様なリガンド認識を生み出す機構の法則性の解明
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批准号：21K06139
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$2.75万
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财政年份：2021
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负责人：白石 慧
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依托单位：
海外基金
