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有顎脊椎動物MHC領域におけるPSMB8遺伝子の多型と進化

有颌脊椎动物MHC区PSMB8基因多态性及进化

基本信息

批准号：
11J05844
负责人：
藤戸尚子
金额：
$ 0.83万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究ではこれまでに,二系統のPSMB8遺伝子(A系統とF系統)が条類の共通祖先から約4億年にわたり、平衡選択によってアリルとして維持されてきた可能性を示した。これまでに知られてきたく種を超えて保存された多型〉の存続期間は、最長のものでも数千万年程度であるが、これに対し本研究では、種どころかく亜綱〉を超えて、約4億年にわたって維持されてきたと考えられる二型の存在を示した。しかしながら、集団遺伝学の研究者からは、これほどの長期にわたり多型が維持されることがあり得るのか、二系統の遺伝子は本当にアリルなのか、という懐疑的な意見が寄せられている。本研究ではこれまで、ゲノムPCRにより二系統のPSMB8遺伝子が親子間でどのように伝えられていくかを分析することで、これらの遺伝子がアリルであることを示してきたが、集団遺伝学分野からの疑問に応えるにはより明確なデータが必要である。本研究は、二系統の遺伝子がアリルであることをより明確な形で示すことを目的に、ポリプテルス、及びゼブラフィッシュを用いて二系統の遺伝子の周辺領域配列を解読し、これらがゲノム上の同じ場所に位置することを示すことを目指している。本研究では一昨年、多研究グループの作成したポリプテルスBACライブラリをスクリーニングし、PSMB8ののっているクローン一つの塩基配列を解読した。今年度はそのBACクローンウォーキングを試みたが、隣接するクローンを得られなかったため、国立遺伝学研究所の比較ゲノム研究室との共同研究を行い、そのポリプテルスBACライブラリをスクリーニングし、PSMB8ののっているクローンおよび近傍のクローン4個を同定した。これらの塩基配列(391kb)を解読したところ、前述のBACライブラリに由来する配列とはPSMB8遺伝子付近の遺伝子の並び方ががまったく異なることが判明した。詳細なdot plot解析を行ったところ、二つのBACライブラリ由来の配列は、中心の遺伝子が並んでいる領域に関しては遺伝子のエキソン部分を除き全く相同性が見られないが、その外側のトランスポゾンのみが点在するような遺伝子のない領域は98～99%の相同性を示す。今回解読した配列中のPSMB8遺伝子はともにF系統に属するが、そのコーディング領域の相同性は75%と非常に低く、またイントロン領域には相同性はみられない。本研究ではこのようなハプロタイプがA系統についても形成されており、そのために4億年もの長きにわたり相同組換えによるホモジェナイゼーションを免れてきたものと考えている。又、A系統MB8遺伝子を含むMHC領域が既に解読されているゼブラフィッシュについては、F系統を含むMHC領域配列をいくつかの部分に分けてPCRにより増幅し、解読を進めている。まだ完全につながってはいないが、これまでの結果から、ゼブラフィッシュにおいてもPSMB8遺伝子の前後数十kbにわたり、非常に相同性の低い領域が広がっていることが明らかとなった。

This study shows the possibility that two systems of PSMB8 descendants (A and F) share a common ancestor about 400 million years ago, and that the balance of selection is maintained. This study shows that the existence of the two types of organisms is maintained for about 400 million years. The authors of this paper propose that the long-term polytype should be maintained and the two systems should be maintained. In this study, we need to analyze the PCRs of two systems of PSMB8 gene pairs between parents and children. In this study, the two systems of genetic components are divided into three groups: the purpose, the classification, and the application. The two systems of genetic components are divided into three groups: the circumferential domain allocation, the classification, and the application. In this study, we have studied the formation of BAC and PSMB8 groups in recent years. This year, the BAC Research Center, the National Institute of Genetic Sciences and the Joint Research Center, the BAC Research Center, and the PSMB8 Research Center have been identified. The base alignment (391kb) was determined by the BAC alignment and the PSMB alignment. Detailed dot plot analysis shows 98~99% identity between the source and the center of the array, and the center of the array. The PSMB8 in the current configuration has 75% identity in the domain of the system. The identity in the domain of the system is very low. This study is based on A 400-million-year-old system that is composed of two components. In addition, A system MB8 gene contains MHC domain, F system contains MHC domain, F system contains PCR domain, and F system contains PCR domain. The result of this is that the PSMB8 gene is tens of kb long and very similar.