Development of the protein-ligand docking program using multi-objective optimization and interactive optimization

使用多目标优化和交互优化开发蛋白质-配体对接程序

• 批准号: 23790137
• 负责人: ODA Akifumi
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Kanazawa University (2012-2013)Tohoku Pharmaceutical University (2011)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23790137/
• 关键词: インシリコ創薬; タンパク質－リガンドドッキング; 多目的最適化; 対話型最適化; コンセンサススコア; 分子シミュレーション; Ligand-based drug design; スコア関数

In this study, multi-objective optimization was adopted for protein-ligand docking calculations. Multiple scoring functions were simultaneously used, and the Pareto optima were selected as the solutions of docking trials. In addition, the concept of the interactive optimization was also used, because the reduction of the number of the false positives is one of the most important problems in docking calculations. In interactive optimization, false positives were eliminated by using several criterion, such as experimental data and estimated pharmacophore obtained by ligand-based approach. The combination use of multi-objective optimization and interactive optimization was tested for large test set, and was applied for actual drug design trials.

在这项研究中，多目标优化采用蛋白质-配体对接计算。同时使用多个评分函数，选择Pareto最优解作为对接试验的解。此外，还使用了交互优化的概念，因为减少误报的数量是对接计算中最重要的问题之一。在交互式优化中，利用实验数据和基于配体的方法得到的药效团估计值来消除假阳性。将多目标优化与交互优化相结合，对大规模试验集进行了验证，并应用于实际药物设计试验。

项目成果

Development of Androgen Recby Application of Ten-vertex p-Carborane as a Novel Hydrophobic Core Structure

应用十顶点对碳硼烷作为新型疏水核心结构开发雄激素回收

• DOI: 10.1039/c2md00294a
• 发表时间: 2012
• 期刊: Med. Chem. Commun
• 作者: Shinya Fujii;Kiminori Ohta;Tokuhito Goto;Akifumi Oda;Hiroyuki Masuno;Ysuyuki Endo;Hiroyuki Kagechika
• 通讯作者: Hiroyuki Kagechika

Theory, Kinetics and Implementation (D. E. Garcia, et al., Eds.), chapter 2

理论、动力学和实施（D. E. Garcia 等人编辑），第 2 章

• 发表时间: 2012
• 作者: A. Oda;et al
• 通讯作者: et al

FADおよびFADH2存在下におけるD-アスパラギン酸酸化酵素とD-アスパラギン酸のドッキングシミュレーション

FAD 和 FADH2 存在下 D-天冬氨酸氧化酶和 D-天冬氨酸的对接模拟

• 发表时间: 2011
• 期刊: 東北薬科大学研究誌
• 作者: 小林佳奈;村上知之;吉田崇志;小田彰史;高橋央宜
• 通讯作者: 高橋央宜

Pareto optimal consensus score for evaluations of protein-ligand complex structures

用于评估蛋白质-配体复合物结构的帕累托最优共识评分

• 发表时间: 2011
• 作者: A. Oda;O. Takahashi
• 通讯作者: O. Takahashi

非金属元素に対する高次項を含んだ電荷平衡法

电荷平衡法，包括非金属元素的高阶项

• 发表时间: 2011
• 作者: Yoshimasa Kawaguchi;Keiko Kuwata;Gen Tanaka;Toshihide Takeuchi;Ikuhiko Nakase;Yasumaru Hatanaka;Shiroh Futaki;名取良浩;小田彰史,小林佳奈,高橋央宜
• 通讯作者: 小田彰史,小林佳奈,高橋央宜