Genomic analysis of caloric restricted, obese and type 2 diabetic rhesus monkeys by next-generation sequencing

通过新一代测序对热量限制型、肥胖型和 2 型糖尿病恒河猴进行基因组分析

• 批准号: 23791027
• 负责人: KITAMOTO Aya
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23791027/
• 关键词: メタボリックシンドローム; アカゲザル; 次世代シークエンス; 肥満; 2型糖尿病; メチル化; 次世代シーケンス

SNPs in the SH2B1, FTO, NUDT3, and LYPLAL1 genes were associated with fat distribution. We performed genome-wide association study (GWAS) and identified the genomic region including PNPLA3, SAMM50, and PARVB genes as susceptible locus for the development of non-alcoholic steatohepatitis. We succeeded in developing specific long-range PCR amplification and performed sequence of the corresponding region of rhesus monkey using the Illumina MiSeq. We determined the nucleotide sequence by de novo assembly and identified approximately 1,500 novel polymorphisms. CpG islands in the promoter regionof PNPLA3, SAMM50, and PARVB genes were searched by Methyl Primer Express software and amplified by methylation-specific PCR.交付決定額

SH2B1，FTO，NUDT3和Lyplal1基因中的SNP与脂肪分布相关。我们进行了全基因组关联研究（GWAS），并确定了包括PNPLA3，SAMM50和PARVB基因在内的基因组区域，作为易感基因座，用于发展非酒精性脂肪性肝炎。我们成功地开发了特定的远程PCR扩增，并使用Illumina Miseq进行了恒河猴相应区域的序列。我们通过从头组装确定了核苷酸序列，并确定了大约1,500个新型多态性。通过甲基引物Express软件搜索PNPLA3，SAMM50和PARVB基因的启动子区域中的CpG岛，并通过甲基化特异性PCR进行扩增。

项目成果

薬物代謝関連遺伝子群の高密度、高精度な遺伝子型決定法の確立

药物代谢相关基因群高密度、高精度基因分型方法的建立

• 发表时间: 2011
• 作者: 北本綾;北本卓也;水澤精穂;寺西啓;堀田紀久子;上嶋健治;小杉眞司;中尾一和;関根章博
• 通讯作者: 関根章博

Replication Study of 15 Recently Published Loci for Body Fat Distribution in the Japanese Population

• DOI: 10.5551/jat.14589
• 发表时间: 2013-01-01
• 期刊: JOURNAL OF ATHEROSCLEROSIS AND THROMBOSIS
• 影响因子: 4.4
• 作者: Hotta, Kikuko;Kitamoto, Aya;Sekine, Akihiro
• 通讯作者: Sekine, Akihiro

Genetic variations in the CYP17A1 and NT5C2 genes are associated with a reduction in visceral and subcutaneous fat areas in Japanese women

• DOI: 10.1038/jhg.2011.127
• 发表时间: 2012-01-01
• 期刊: JOURNAL OF HUMAN GENETICS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Hotta, Kikuko;Kitamoto, Aya;Sekine, Akihiro
• 通讯作者: Sekine, Akihiro

PNPLA3遺伝子上のrs738409と非アルコール性脂肪肝炎とのケース・コントロール相関解析

PNPLA3基因rs738409与非酒精性脂肪性肝炎的病例对照相关性分析

• 发表时间: 2011
• 作者: 堀田紀久子;北本卓也;北本綾;米田正人;中島淳;上野登隆;兵庫秀幸;越智秀典;茶山一彰;関根章博;中尾一和
• 通讯作者: 中尾一和