RT-PCRによる水中ウイルス検出に関わる阻害物質の同定及び阻害回避手法の確立
RT-PCR检测水中病毒相关抑制物质的鉴定及避免抑制方法的建立
基本信息
- 批准号:12J08885
- 负责人:
- 金额:$ 1.15万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
- 财政年份:2012
- 资助国家:日本
- 起止时间:2012 至 2013
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
一般に, 水からのウイルス検出は, ウイルス濃縮を要するが, ここで夾雑物質もともに濃縮されてしまい, RT-PCRによるウイルス検出効率の低下が生じる. 検出効率の低下を引き起こす物質の特性を評価した事例は存在せず, このため検出効率向上のための手法も確立していない. 水のウイルス学的安全性評価のためには10-100Lの大容量水試料を検査することが求められるが, 現状では検査水量の増大は必ずしも検査感度の向上をもたらさない. 昨年度の研究により, ウイルス濃縮液中には疎水性及び30kDa程度の有機物が含まれやすいことを見出した. さらに, DAX-8樹脂及びゲルろ過による濃縮液精製がウイルス検出効率の向上に有効である可能性を見出した. 本年は考案した濃縮液精製手法の更なる適用及び, 遺伝子配列解読への親和性の検証を試みた.東京都及び宮城県で収集した河川・海水試料100L程度をウイルス濃縮操作に供し, 0.7mL程度まで減容した. 濃縮液を上述の精製操作に供し, 定量RT-PCRによるウイルス遺伝子数の定量, RT-Nested-PCR及びSanger Sequenceを用いたGII-ノロウイルスの遺伝子配列解読, 次世代シーケンサーを用いたRNAの網羅的解読を試みた.濃縮液精製手法の適用により, GI及びGIIノロウイルス, サポウイルス, エンテロウイルス, アイチウイルスGII及びGIIIFRNAファージなど, 複数種のウイルスについて定量精度の向上が確認された. また, 精製後の奥多摩河川水濃縮液中のGIIノロウイルス遺伝子数は1.5~3.0copies/tube程度であった. これら低濃度試料からも, RT-Nested-PCR及びSanger Sequenceを用いた遺伝子配列解読が可能であることを確認した. また, 精製後のウイルス濃縮液を用いた次世代シーケンサーによるRNAの網羅的解読では, 上記ウイルス群に加え, アストロウイルスやピコビルナウイルス, ヒト腸管系ウイルスとは形状の大きく異なるトウガラシ微斑ウイルスなどの植物ウイルス様の遺伝子配列が確認された. これらの結果は考案した濃縮液精製手法が, 幅広い水中ウイルスに対して有効であること, また, 水中ウイルス解析に用いる多様な分子生物学的手法との親和性が高いことを示すものである.
In general, the water consumption rate is lower than that of the normal control group, while the RT-PCR rate is low. The low rate leads to the existence of the case that there is an increase in the rate of property, etc. The safety of water supply is very good. 10-100L high-capacity water supply materials are used in high-capacity water supply. Last year, we studied the water quality and the degree of 30kDa in the liquid. There is an organic substance that contains a large amount of water. There is a possibility that there is an upward trend in the rate of exudation of semen and semen in the presence of alcohol, DAX-8 fat and alcohol. In this year's examination, you will learn more about the use and use of semen techniques, and you will find a list of solutions and sexual tests. In Kyoto and other cities, it is expected that the level of river and sea water is 100L, the level of operation is high, and the level of 0.7mL is low. The above-mentioned "precision operation" is available, quantitative RT-PCR is used to quantify the number of children, RT-Nested-PCR and Sanger Sequence are configured with the sub-configuration of the GII- network, and the next-generation RNA network is used for the solution test. Using GI, GI and GII to verify the accuracy of the quantitative analysis, use the following tools to confirm the accuracy of the quantitative analysis. After the treatment, the concentration of GII in the water of the Odomo River was measured. The number of children in the water of the Odomo River was less than that of 1.5~3.0copies/tube. For low-grade materials, RT-Nested-PCR and Sanger Sequence use the sub-configuration of this sub-column to confirm that it is possible. After that, you can use the solution of the next-generation RNA network, add the number of users, change the shape of the system, change the shape of the system, and make sure that you want to make sure that you are not sure. Results the results of the study showed that the manipulation of seminal fluid in the water was detected by the method of molecular biology and the method of molecular biology was used.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
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专利数量(0)
Effects of rainfall events on the occurrence and detection efficiency of viruses in river water impacted by combined sewer overflows
- DOI:10.1016/j.scitotenv.2013.08.093
- 发表时间:2014-01-15
- 期刊:
- 影响因子:9.8
- 作者:Hata, Akihiko;Katayama, Hiroyuki;Furumai, Hiroaki
- 通讯作者:Furumai, Hiroaki
復旧過程における被災した宮城県内4下水処理場および周辺環境における衛生微生物の調査
宫城县四座污水处理厂恢复过程中受损的卫生微生物及周边环境调查
- DOI:
- 发表时间:2013
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:稲葉愛美;端昭彦;片山浩之;古米弘明
- 通讯作者:古米弘明
ウイルス濃縮過程における共存有機物の濃縮とウイルス検出阻害
病毒浓缩过程中共存有机物的浓缩及对病毒检测的抑制
- DOI:
- 发表时间:2012
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:端昭彦;片山浩之;古米弘明
- 通讯作者:古米弘明
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端 昭彦其他文献
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{{ truncateString('端 昭彦', 18)}}的其他基金
自然水中におけるノロウイルスの感染力評価手法の構築
天然水中诺如病毒感染性评价方法的构建
- 批准号:
14J03643 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 1.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
相似海外基金
河川・沿岸海域における健康関連微生物の挙動解析
河流和沿海水域中与健康相关的微生物的行为分析
- 批准号:
20860010 - 财政年份:2008
- 资助金额:
$ 1.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (Start-up)
疑似成熟社会における健康関連微生物のリスク評価とその制御
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- 批准号:
17636013 - 财政年份:2005
- 资助金额:
$ 1.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)