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ヒラメ・カレイ類の体色の左右差形成と体色異常の発生メカニズムの分子生物学的研究

牙鲆及牙鲆体色偏侧性形成及体色异常发生机制的分子生物学研究

基本信息

批准号：
12J11203
负责人：
烏暁明
金额：
$ 1.73万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2015-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度の研究では、RAの刺激で無眼側の色素前駆細胞から色素芽細胞への分化を誘導する、上流にある制御因子を解明することが重要であると考えられ、RA暴露してから24時間の時の仔魚からTotal RNAを抽出し、HiSeq2000で、100 bpのpaired-end法で配列を解析し、配列の生データをMaserのパイプラインを使って、次世代シーケンサーデータ解析を行った。ヒラメのようなターゲットのゲノム配列が未知であり、de novoトランスクリプトームアセンブルで配列を決定するところから解析を始まり、次に、リードをコンティグにマッピングし、発現量(FPKM) を算出した。さらに、二群間比較を行い、いずれかの二群間で有意に発現量が変動しているコンティグを抽出し、クラスタリングを行った。また、各コンティグの遺伝子アノテーションを付与し、最後に各クラスターで有意に出現頻度が上昇したGOの一覧を抽出した。結果では正常と比較して、RA暴露により発現量が10倍以上増加した遺伝子として、RA分解酵素cyp26b を含む14遺伝子が得られた。また、発現量が1/10以下に減少した遺伝子として、骨基質であるostc を含む11遺伝子が得られた。これらのうち、RA分解酵素cyp26b 遺伝子が色素細胞分化に関連するかを調べるために、正常ヒラメの左右皮膚でのCyp26b1の発現差をqPCR法により調べた結果、変態期のG,H期では左右差が確認され、I期から左右差が無くなる傾向が確認された。以上から、ヒラメの変態期に起こる体色の左右差形成が、有眼側ではレチノイン酸により色素胞の分化が誘導されるのに対し、無眼側ではレチノイン酸分解酵素の高発現することにより、レチノイン酸が分解され、さらに、色素胞の分化を抑制されると考えられる。

This year の research では no eye side, RA の stimulation での駆 before pigment cells から pigment bud cells へをの differentiation inducing する, high-class にある suppression factor を interpret することが important であると exam えられ, RA exposure してから 24 time の impaction のからを drew し, Total RNA HiSeq2000 で, 100 Bp ので paired - end method with analytical しを, column の raw データを Maser のパイプラインを make って, next generation シーケンサーデータ parsing line をった. ヒラメのようなターゲットのゲノム match column が unknown であり, DE novo トランスクリプトームアセンブルで match column を decided するところから parsing を beginning まり, times に, リードをコンティグにマッピングし, 発 now (FPKM) を calculate した. さらに, line をい is compared between two group, いずれかので between two group intentionally に発 now quantity が - move しているコンティグを spare し, クラスタリングを line った. また, various コンティグの posthumous son 伝アノテーションを give し, finally にクラスターで intentionally rising frequency にがした GO の a 覧を spare した. Results ではと compare normal して, RA exposure により発 quantity が now ten times more rights and した heritage 伝 son として, RA decomposition enzyme cyp26b を containing む 14 heritage 伝 sons が may られた. また, 発 now が 1/10 に reduce した posthumous son 伝として, bone matrix である ostc を containing む 11 heritage 伝 sons が may られた. Youdaoplaceholder2 れらうちうち, ra-decomposing enzyme cyp26b Posthumous son 伝が pigment cell differentiation に masato even するかを adjustable べるために, normal ヒラメの about skin での Cyp26b1 の発 now poor を qPCR method により adjustable べた results, - states period の G, H period では about poor が confirm され, stage I から about poor が no くなる tendency が confirm された. Above から, ヒラメの - phase state に up こる body color の about poor form が, eye side ではレチノイン acid により chromatophore がの differentiation inducing されるのにし seaborne, no eye side ではレチノイン high acid decomposition enzyme の発 now することにより, レチノイがン acid decomposition され, さらに, pigment cell differentiation をの suppression されると exam えられる.