Development of amethod to extract structural features from large-scale protein-lig and data

开发从大规模蛋白质配体和数据中提取结构特征的方法

• 批准号: 23700338
• 负责人: SAIGO Hiroto
• 金额: $ 2万
• 依托单位: Kyushu Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700338/
• 关键词: 医薬生物; ゲノム統計解析; 国際情報交換（フランス、スイス）; バーチャルスクリーニング; ケモインフォマティクス; クラスタリング; 国際研究者交流、フランス、スイス

We developed a method that searches for protein-ligand pairs which play key roles in protein-ligand interactions. Our method has the following desirable properties;1) it can analyze large-scale protein-ligand database2) it is available in situations where protein tertiary structures are unavailable3) it does not depend on commercial descriptors for representing chemical compounds, but can generate them on demand.

我们开发了一种寻找在蛋白质-配体相互作用中起关键作用的蛋白质-配体对的方法。我们的方法具有以下特点：1)它可以分析大规模的蛋白质配体数据库；2)它适用于蛋白质三级结构不可用的情况；3)它不依赖于表示化合物的商业描述符，而是可以根据需要生成它们。

项目成果

IGI Global "MatrixDecomposition-based Dimensionality Reduction on Graph Data" , "Graph Data Management: Techniques and Applications"

IGI Global 《基于矩阵分解的图数据降维》、《图数据管理：技术与应用》

• 发表时间: 2011
• 作者: Hiroto Saigo;Koji Tsuda;Sakr;S. and Pardede;E. editors
• 通讯作者: E. editors

"Matrix Decomposition-based Dimensionality Reduction on Graph Data" in Sakr, S. and Pardede, E. editors "Graph Data Management: Techniques and Applications"

“图数据上基于矩阵分解的降维”，Sakr, S. 和 Pardede, E. 编辑的“图数据管理：技术与应用”

• 发表时间: 2011
• 作者: Hiroto Saigo;Koji Tsuda
• 通讯作者: Koji Tsuda

An algorithm for searching multiple SNP interactions Joint Conference on Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology

搜索多个 SNP 相互作用的算法生物学、医学和药理学信息学联合会议

• 发表时间: 2012
• 作者: Ikeda;N.;Saigo;H
• 通讯作者: H

Fast Iterative Mining Using Sparsity-Inducing Loss Functions

• DOI: 10.1587/transinf.e96.d.1766
• 发表时间: 2013-08
• 期刊: IEICE Trans. Inf. Syst.
• 作者: Hiroto Saigo;H. Kashima;K. Tsuda

Extracting Sets of Chemical Substructures and Protein Domains Governing Drug-Target Interactions

• DOI: 10.1021/ci100476q
• 发表时间: 2011-05-01
• 期刊: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING
• 影响因子: 5.6
• 作者: Yamanishi, Yoshihiro;Pauwels, Edouard;Stovent, Veronique
• 通讯作者: Stovent, Veronique