Improvement of predictions of transcription factor binding sites using sequence dependent deformability of DNA

利用 DNA 序列依赖性变形能力改进转录因子结合位点的预测

• 批准号: 23700354
• 负责人: SUNAMI Tomoko
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Japan Atomic Energy Agency
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700354/
• 关键词: 転写因子; 蛋白質・DNA 相互作用; 蛋白質・DNA相互作用; DNA; タンパク質; 配列依存性; DNA認識

Deformation of DNA and transcription factors upon complex formation makes prediction of transcription factor binding sites difficult. In this study, we analyzed conformational changes of proteins in DNA interfaces. Our results showed that fragments of proteins to be DNA interfaces have intrinsic flexibility and are composed of amino acids that have high flexibility and DNA binding capability.

DNA和转录因子在形成复合体时的变形使得转录因子结合位点的预测变得困难。在本研究中，我们分析了蛋白质在DNA界面上的构象变化。我们的结果表明，作为DNA界面的蛋白质片段具有内在的柔韧性，并且由具有高柔韧性和DNA结合能力的氨基酸组成。

项目成果

Local conformational changes of proteins in DNA interfaces

DNA界面中蛋白质的局部构象变化

• 发表时间: 2012
• 作者: Tomoko Sunami;Hidetoshi Kono;Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono
• 通讯作者: Tomoko Sunami and Hidetoshi Kono

Local Conformation Changes of proteins in the DNA interfaces

DNA 界面中蛋白质的局部构象变化

• 发表时间: 2012
• 作者: Tomoko Sunami;Hidetoshi Kono
• 通讯作者: Hidetoshi Kono

DNA界面での蛋白質の局所的構造変化

DNA 界面蛋白质的局部结构变化

• 发表时间: 2012
• 作者: Tomoko Sunami;Hidetoshi Kono
• 通讯作者: Hidetoshi Kono

DNA 界面での蛋白質の局所的構造変化

DNA 界面蛋白质的局部结构变化

• 发表时间: 2012
• 作者: Tomoko Sunami;Hidetoshi Kono
• 通讯作者: Hidetoshi Kono