Development of new molecular dynamics simulation methods and application to protein folding problem

新分子动力学模拟方法的发展及其在蛋白质折叠问题中的应用

• 批准号: 23740325
• 负责人: OKUMURA HISASHI
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Okazaki Research Facilities, National Institutes of Natural Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-28 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23740325/
• 关键词: 分子動力学; タンパク質; ペプチド; 分子動力学法; シミュレーション

项目成果

Temperature and pressure denaturation of a protein and peptide by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations

通过多元气压-多热分子动力学模拟蛋白质和肽的温度和压力变性

• 作者: Jun Nozawa;Katsuo Tsukamoto;Willem van Enckevort;Tomoki Nakamura;Yuki Kimura;Hitoshi Miura;Hisao Satoh;Ken Nagashima;and Makoto Konoto;奥村久士
• 通讯作者: 奥村久士

All-atom molecular dynamics simulations of amyloid-fibril disruption and peptide oligomerization

淀粉样原纤维破坏和肽寡聚化的全原子分子动力学模拟

• 发表时间: 2014
• 作者: Nakajima;J.;S. Hada;E. Hayami;N. Uchida;A. Hasegawa;S. Yoshioka;T. Matsuzawa;and N. Umino;奥村久士;谷口学，奥村泰志，樋口博紀，菊池裕嗣;Hisashi Okumura
• 通讯作者: Hisashi Okumura

Molecular dynamics simulations for amyloid disruption by supersonic wave

超声波破坏淀粉样蛋白的分子动力学模拟

• 发表时间: 2013
• 作者: Uchida;N;Hisashi Okumura
• 通讯作者: Hisashi Okumura

マルチバーリック・マルチサーマル分子動力学法によるシニョリンの温度・圧力変性

使用多元气压/多热分子动力学方法研究木犀草素的温度/压力变性

• 作者: Ohara;K.;Kohno;M.;Hamada;T.;and Kawakami;K;Hitoshi Miura;奥村久士;義永那津人;奥村久士
• 通讯作者: 奥村久士

Protein simulations by new generalized-ensemble molecular dynamics algorithms

通过新的广义系综分子动力学算法进行蛋白质模拟

• 作者: Uchida;N.;A. Hasegawa;and T. Matsuzawa;Natsuhiko Yoshinaga;奥村久士
• 通讯作者: 奥村久士