Erkennung doppelsträngiger RNA durch Zinkfingerproteine - NMR-spektroskopische Aufklärung von Struktur und Moleküldynamik

锌指蛋白检测双链 RNA - 核磁共振波谱阐明结构和分子动力学

• 批准号: 5416909
• 负责人: Professor Dr. Heiko Möller
• 金额: --
• 依托单位: Arbeitskreis Analytische Chemie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Fellowships
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2002-12-31 至 2003-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5416909?language=en
• 关键词: Erkennung; doppelstr; ngiger; RNA; durch

In diesem Projekt soll die Interaktion des Proteins dsRBP-ZFa (double stranded RNA binding protein-zinc finger a) mit doppelsträngiger RNA (dsRNA) untersucht werden. Das Protein dsRBP-ZFa und seine verwandten sind Zinkfingerproteine, die eine wichtige Rolle beim Programmierten Zelltod - der Apoptose spielen und mit hoher Affinität an doppelsträngige RNA und an RNA-DNA-Hybride binden. Homologe von dsRBP-ZFa werden im Menschen und in Nagern durch den Tumorsuppressor p53 induziert und in bestimmten Karzinomen, wie dem Plattenepithelzellkarzinom der Lunge, in erhöhter Konzentration gefunden. Künstlich hervorgerufene Überexpression dieser Proteine kann Apoptose auslösen und das Wachstum von Tumorzelllinien (z.B. Saos-2) hemmen. Ein Konstrukt, das die ersten drei Zinkfingerdomänen von dsRBPZFa umfasst (ZFa-zf123, 23 kDa) wird zur Zeit im Labor von Prof. Dr. P. E. Wright exprimiert. Seine 3D-Struktur und Dynamik sowie deren Änderung durch Bindung an dsRNA soll mit Hilfe von multidimensionaler NMR-Spektroskopie aufgeklärt werden. Als dsRNA-Part wird eine 15N/13C-markierte hairpin-Sequenz von 12-15 Basenparren Länge (~10 kDa) zum Einsatz kommen. Die neuen Proteine gehören zur Familie der Cys2His2-Zinkfinger, die sehr häufig eine Struktur aus zwei b-Faltblättern und einer a-Helix ausbilden. Da erste NMR-Experimente jedoch auf einen überraschend hohen a-helikalen Anteil hindeuten, liegt möglicherweise ein neues Faltungsmuster vor. Im Gegensatz zu bekannten Zinkfingerproteinen besitzen die Mitglieder der neuen Proteinfamilien extrem lange und hochvariable Linker zwischen den Zink-bindenden Domänen und einen vergrößerten Abstand zwischen den Zink-koordinierenden Histidinresten. Weiterhin ist ungewöhnlich, dass die Wechselwirkung mit doppelsträngiger RNA nicht über das in der Literatur bekannte dsRNA binding motif stattfindet, sondern über die Zinkfingerdomänen. Es könnte also ein neuer Erkennungsmechanismus für dsRNA gefunden werden.

在这个项目中，研究了双链RNA（dsRNA）与蛋白质dsRBP-ZFa（双链RNA结合蛋白-锌指蛋白a）的相互作用。dsRBP-ZFa蛋白是一种锌指蛋白，它在细胞凋亡程序中具有重要的作用，并具有与双链RNA和RNA-DNA杂交结合的亲和力。dsRBP-ZFa韦尔登在人类和在Nagern通过肿瘤抑制基因p53的诱导和在Karzinomen中的估计，如Plattenepithelzellkarzinom der Lunge，在更高的浓度中被发现。表达蛋白质的肿瘤细胞可诱导凋亡并产生肿瘤细胞（z.B.萨奥斯-2）hemmen。这是一个结构，第一个三个来自dsRBPZFa umfasst（ZFa-zf 123，23 kDa）的Zinkfingerdomänen将在P.E.博士教授的实验中进行。赖特很努力。Seine 3D-Struktur und Dynamik sowie deren Änderung durch Bindung an dsRNA soll mit Hilfe von multidimensionaler NMR-Spektroskopie aufgeklärt韦尔登.所有dsRNA部分将15 N/13 C标记的发夹序列从12-15 Basenparren Länge（~10 kDa）中扩增。新的蛋白质来自Cys 2 His 2-Zinkfinger家族，它具有两个b-Faltblättern和一个historic ausbilden的结构。在第一次核磁共振实验中，由于螺旋桨的阻力，发现了一种新的Faltungsmuster。为了获得锌指蛋白质，需要将新的蛋白质家族的末端和高度可变的连接子与锌结合域结合，并将其与锌结合的组氨酸结合。然而，值得注意的是，带有双链RNA的Wechselenkung并没有在文献中被认为是dsRNA结合基序，而是被称为Zinkfingerdomänen。Es könnte also ein neuer Erkennungsmechanismus für dsRNA gefunden韦尔登.