局所的BAC物理地図構築における革新的高速化技術の開発
开发用于本地 BAC 物理图构建的创新高速技术
基本信息
- 批准号:25450141
- 负责人:
- 金额:$ 3.49万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2013
- 资助国家:日本
- 起止时间:2013-04-01 至 2016-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
27年度には、本研究の基盤的技術である極微量DNA増幅技術をシロイヌナズナ染色体のナノサイズ断片に実際に適用し、増幅のさらなる安定化と高い確実性を目指して検討を進めた。また近年急速に次世代シーケンサーが普及したことから当初計画の一部を変更し、BACクローンの作成にこだわらずに次世代シーケンサーに適合したライブラリ作成を目標に加えた。その結果、ナノサイズ染色体断片に含まれるDNA由来の増幅産物を75%以上の高い確率で取得する方法の確立に至り、次世代シーケンサーによる塩基配列解析に必要なサンプルを取得した。その際、極微量DNAの増幅には外部プライマーを使用せず、プライマーゼを利用する方法が非特異的DNA増幅の抑制と高い確率での増幅産物の取得に対して有効であることが明らかとなった。これに先立ち、25年度には染色体切断回収技術の確立を目指し、ゲノムサイズが植物として最小レベルのシロイヌナズナを対象として、染色体試料の作成、原子間力顕微鏡の操作の最適化を中心に実施した。その結果、染色体の任意の領域について切断回収することを実現した。また26年度には、主として1~2分子のDNAを鋳型としたDNA増幅、DNA増幅の障害となる染色体タンパクの除去法、外部DNA混入対策技術の開発を中心に検討を実施した。その結果、一連のDNA増幅工程において染色体ナノサイズ断片からのDNA増幅に必要な実験的条件を明らかにすることができた。これらのことにより、染色体標本の任意の領域のナノサイズ染色体断片作成とそれに含まれるDNAの塩基配列解析の一連の工程における必要な諸条件を明らかにすることができたと考えられ、局所的染色体物理地構築の革新的高速化について一定の成果を得た。一方、増幅されたDNAの鋳型特異性のさらなる向上など、今後の検討を要する課題も明らかとなった。
In 2007, we developed a new DNA amplification technique for chromosome fragments. In recent years, the rapid development of the next generation of services has become more and more popular. As a result, a method was established to obtain amplification products containing DNA derived from Nausai chromosome fragments with a high accuracy rate of more than 75%, and the necessary support for base sequence analysis for next-generation Schistosomiasis support was obtained. In addition, the amplification of small amounts of DNA can be achieved by using the method of non-specific DNA amplification and high accuracy. The aim of this research is to establish a chromosome dissection technique in 2005, to optimize the operation of the atomic force microscope and to prepare chromosome samples. The result is that any region of the chromosome is cut off and returned to normal. In 2006, the central research on the development of DNA amplification, chromosome deletion, and external DNA hybridization was carried out. As a result, DNA amplification engineering is required for the identification of DNA fragments. The necessary conditions for the construction of chromosome fragments in any field including DNA gene alignment analysis and continuous engineering have been clarified and certain achievements have been achieved. A method for determining the type-specificity of DNA is proposed.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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