魚類コア遺伝子の網羅的同定とＴＩＬＬＩＮＧ育種への活用

鱼类核心基因综合鉴定及TILLING育种利用

• 批准号: 14J06914
• 负责人: 小山 喬
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-25 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-14J06914/
• 关键词: ブリゲノム配列決定; 魚類; 育種; 養殖技術; 分子進化

今年度は、これまでに構築したパイプラインを水産養殖対象魚種であるブリ類に適用するため、ブリゲノム配列の解読、アセンブル、遺伝子同定を行った。イルミナ社シーケンサーより得た配列データをアセンブルした後、コンティグ配列と、ブリBAC末端配列、近縁種であるヒラマサRNA-Seq配列とを用いて、スキャッフォールディングを行った。得られたスキャッフォールドと、CEGMAパイプラインとを用いて、真核生物において広く保存されている遺伝子を抽出した後、それらをトレーニングデータとして、AUGUSTUSによる遺伝子予測を行った。最後に、これまでに構築されているブリ連鎖地図上にスキャッフォールド配列をマップし、ブリゲノム配列を得た。以上で得られたゲノム配列は、性染色体がZ染色体の情報のみしか含まないため、W染色体のゲノム配列を決定すべく、ハイブリダイゼーションを基礎とする標的領域特異的塩基配列決定法の開発を試みた。既存のブリBACライブラリーより、性染色体状に整列化されたBACクローンを選別した。得られたBACクローンにビオチン化を施し、プローブとした。ブリWW個体より抽出した高分子ゲノムDNAを物理的に断片化し、末端にアダプターを付加したものをターゲットサンプルとし、ビオチン化プローブとのハイブリダイゼーションに供した。ハイブリダイゼーション産物を精製、増幅し、シーケンシングサンプルとした。シーケンシングはイルミナ社MiSeqとナノポア社MinIONシーケンサーにより行った。得られたシーケンスデータをアセンブリした結果、W染色体由来ゲノム配列を取得することに成功した。W染色体由来ゲノム配列と、Z染色体由来ゲノム配列との比較を行ったところ、大きな挿入・欠失・逆位は観察されなかった。

This year, the construction of aquaculture target species, such as fish, fish, In addition to the above, we also have the following information: (1) the number of entries in the list of entries: In addition to the above, we can also provide information on the future development of eukaryotes and eukaryotes. Finally, the structure of the chain is divided into two parts: The above results show that the development of domain-specific gene alignment determination methods for sex chromosome and Z chromosome information is based on the development of domain-specific gene alignment determination methods for W chromosome and Z chromosome information. The existing BAC genome is classified into two groups: one is the genome, the other is the genome. The BAC is a very good place to be. The DNA fragments, termini and termini of the isolated polymers were added to the DNA fragments. The product is refined, amplified, and stored.シーケンシングはイルミナ社MiSeqとナノポア社MinIONシーケンサーにより行った。The result is that the W chromosome has been successfully aligned. W chromosome origin, Z chromosome origin, Z chromosome

项目成果

ターゲットキャプチャー法によるブリW染色体塩基配列決定の試み

尝试使用目标捕获法对黄尾W染色体进行测序

• 发表时间: 2017
• 作者: K. Tokuda;T. Onishi;K. Saigo;A. Kawamura;Y. Fukui;T. Matsumoto;S.-i. Inutsuka;M;N. Machida;K. Tomida;K. Tachihara;Kengo Tomida;小山喬・森島輝・鈴木穣・内野翼・坂本崇・菊池潔
• 通讯作者: 小山喬・森島輝・鈴木穣・内野翼・坂本崇・菊池潔

真骨魚類コア遺伝子の網羅的同定

硬骨鱼核心基因的综合鉴定

• 发表时间: 2014
• 作者: 小山喬;吉田一範;尾崎照遵;青木純哉;荒木和男;細谷将;菊池潔;坂本崇;小山喬・菊池潔
• 通讯作者: 小山喬・菊池潔

遡河回遊の進化に伴う淡水適応能獲得の遺伝基盤

溯河洄游进化获得淡水适应性的遗传基础

• 发表时间: 2016
• 作者: K. Tokuda;T. Onishi;K. Saigo;A. Kawamura;Y. Fukui;T. Matsumoto;S.-i. Inutsuka;M;N. Machida;K. Tomida;K. Tachihara;Kengo Tomida;小山喬・森島輝・鈴木穣・内野翼・坂本崇・菊池潔;佐藤耕平・伊藤洸太朗・小山喬・城夕香・細谷将・菊池潔
• 通讯作者: 佐藤耕平・伊藤洸太朗・小山喬・城夕香・細谷将・菊池潔

性染色体初期進化の実験モデルとしてのブリ類の有用性

黄尾鱼作为性染色体早期进化实验模型的有用性

• 发表时间: 2015
• 作者: 小山喬;吉田一範;尾崎照遵;青木純哉;荒木和男;細谷将;菊池潔;坂本崇
• 通讯作者: 坂本崇