Community composition of the bacterioplanktons in the Southern Ocean

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Im beantragten Forschungsvorhaben soll die Verbreitung, Diversität und Abundanz eines kürzlich definierten eng umgrenzten Roseobacter-Clusters, das RCA (Roseobacter Clade Affiliated) Cluster, im Vergleich zum Roseobacter-Zweig und dem SAR11-Zweig der al-pha-Proteobakterien im Südpolarmeer mittels real time PCR untersucht werden. Dabei kommen Zielgruppen-spezifische Primer zur Amplifikation von Fragmenten der 16S rRNA-Gene zum Einsatz. Voruntersuchungen der Antragsteller hatten gezeigt, dass das RCA-Cluster etwa 20% der Domaine der Bacteria im Südpolarmeer umfasst und damit ein wichtiges strukturelles Element des Bakterioplanktons im Südpolarmeer ist. Die Diversität innerhalb des Roseobacter- und SAR11-Zweiges wird mittels DGGE und Zweig-spezifischer Primersysteme und nach Sequenzierung charakteristischer DGGE-Banden a-nalysiert. Die Untersuchung erfolgt mit Proben, die während der Forschungsfahrt ANT XVI/3 von März bis Mai 1999 von nördlich der subtropischen Front über die subantarktische Front, die Polarfront bis ins Weddellmeer und in den antarktischen Küstenstrom genommen worden sind.