Untersuchungen zur Populationsdynamik von schwebstoffassoziierten und frei suspendierten Bakteriengemeinschaften in der Wesermündung

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Im beantragten Forschungsvorhaben soll die Zusammensetzung der schwebstoffassoziierten und frei suspendierten Bakteriengemeinschaft im Salinitätsgradienten des Ästuars der Unterweser und deren saisonale Dynamik untersucht werden. Die qualitative Zusammensetzung wird mittels denaturierender Gradienten-Gel-Elektrophorese nach PCR-Amplifikation von Fragmenten des 16S rRNA-Gens mit 550 Basenpaaren analysiert. Die ausgeschnittenen Banden werden sequenziert und deren phylogenetische Verwandschaft bestimmt. Außerdem wird die Zusammensetzung mittels in situ Hybridisierung mit fluoreszenzmarkierten rRNA-gerichteten Oligonukleotidsonden unterschiedlicher Spezifität quantifiziert. Um die verschiedenen Bakteriengruppen zu erfassen, sollen zunächst gruppenspezifische Sonden eingesetzt werden (Proteobakterien, Cytophagen/Flavobakteriencluster). Später werden auf der Basis der sequenzierten 16S rRNA-Fragmente neue Sonden von relevanten Vertretern aus der Unterweser konstruiert, um deren Populationsdynamik im Salinitätsgradienten und saisonal zusammen mit dem Umsatz der wichtigsten organischen Substrate zu erfassen. Weiterhin werden MPN-Verdünnungsreihen angelegt, um wichtige Vertreter zu kultivieren, deren 16S rRNA-Gene zu sequenzieren und spezifische Sonden zu konstruieren. In Mesokosmen wird die Wachstumsdynamik und der Substratumsatz der wichtigsten Bakterien unter kontrollierten Bedingungen studiert.