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アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発

使用氨基酸残基水平的相互作用谱开发蛋白质-蛋白质相互作用预测方法

基本信息

批准号：
15K00407
负责人：
内古閑伸之
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology (2017)Chuo University (2015-2016)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-04-01 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

「相互作用ネットワーク解析による検証」を昨年度に引き続き、細胞走化性に関するタンパク質群について解析を行った。常在菌であるE.coliについてはすでに、MEGADOCKをもちいた網羅的タンパク質間相互作用予測を行い、従来のドッキングソフトウェアによる結果を比較した。さらに、極地的な環境に生息する高度好熱菌であるT.maritimaは、常在菌であるE.coliと異なるタンパク質群による細胞走化性ネットワークを形成している。これらのタンパク質相互作用部位の違いを相互作用プロファイル法を用いて解析した。この解析は「3.相互作用の探索空間の解析」の課題と関連していて、E.coliとT.maritimaの細菌走化性に関するタンパク質群における網羅的ドッキングによるタンパク質相互作用部位の探索結果を解析し、日本生物物理学会においてポスター発表を行い、インド工科大学マドラス校におけるシンポジウムで講演を行った。また、「相互作用プロファイルに基づいたドッキングツールの開発」について、昨年度にRe-dockingを実行するために必要な3つのステップ「1)初回ドッキング、2)相互作用プロファイルを用いたクラスタ解析による相互作用部位の特定、3)再ドッキング」を一括実行するためのソフトウェアを開発した。引き続き、ソースコードの公開と論文執筆の準備を行っている。「配列データベースへのインターフェース開発」については、既知のタンパク質間相互作用プロファイルに関連するアミノ酸残基の部分配列についてデータベースで関連配列を収集し、考察を行った。

"Interaction analysis" last year's introduction, cell transformation related to the analysis of mass groups. Comparison of the results of mass-to-mass interaction prediction for E.coli and MEGADOCK In the polar environment, T.maritima is highly resistant to bacteria, and E.coli is highly resistant to bacteria. The interaction between the two substances was analyzed by the method of chemical analysis. This analysis is related to the topic of "3. Analysis of the Exploration Space of Interaction", the analysis of the results of the exploration of the interaction sites of E.coli and T.maritima related to bacterial transformation, the development of the research table of the Japanese Society of Biophysics, and the research of the university of engineering. 3."1) Initial response, 2) Interaction site specification, 3) Re-response," including "interaction site specification, 3) Re-response," and "interaction site specification." The preparation of the paper is carried out in the middle of the preparation process. "The development of the sequence of amino acids" is a part of the study on the correlation between known amino acids and mass-to-mass interactions.