アミノ酸配列からのタンパク質複合体形成の予測

从氨基酸序列预测蛋白质复合物的形成

• 批准号: 01J60033
• 负责人: 内古閑 伸之
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Nagoya University (2003)Tokyo University of Agriculture and Technology (2001-2002)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60033/
• 关键词: アミノ酸配列情報; タンパク質立体構造; 構造分類; タンパク質立体構造形成原理; ゲノム; プロテオーム; ダンベル型タンパク質; 電荷バランス; 両親媒性

タンパク質の立体構造や複合体形成はアミノ酸残基の物理化学的相互作用によるメカニズムによって理解できる。複合体形成のメカニズムを考える基礎固めとして、アミノ酸残基間の静電相互作用に着目し、アミノ酸配列情報から伸びた形をしたタンパク質(伸長型タンパク質)の予測を行ってきた。伸長型タンパク質の立体構造の特徴はN末端側とC末端側のドメインが構造上、離れていることである。立体構造情報から得られた典型的な伸長形タンパク質はカルモジュリン、トロポニンCなどであった。また、典型的な伸長型タンパク質のアミノ酸配列から、この構造の形成メカニズムとして静電相互作用による斥力が支配的であると考えられる。実際に立体構造データベース(PDB)のアミノ酸配列による予測からカルモジュリン、トロポニンCが得られ、さらにDNA結合タンパク質も得られた。カルモジュリンやトロポニンCのアミノ酸配列は負電荷をもつアミノ酸残基を多く持っており、正電荷を多く持つペプチド分子と結合しやすい。一方でDNA結合タンパク質は正電荷を多く持ち、負に帯電しているDNA分子と結合しやすい。また、75種の生物ゲノムについてこの原理を適用し予測した。典型的な伸長型タンパク質であるカルモジュリンやトロポニンCはゲノム内にそれほど多くなく、伸長型タンパク質として予測された機能既知遺伝子情報の半分以上はDNA結合タンパク質であった。また、機能未知で伸長型と予測されたタンパク質は正電荷を多く持ちDNA結合タンパク質の性質を有していた。ヒトゲノムにおいては伸長型タンパク質が予測対象の75種の生物の中で最も多く予測され、機能未知でDNA結合タンパク質の性質を有している遺伝子も最も多く発見できた。以上の成果から、一般的なタンパク質の立体構造形成の相互作用をアミノ酸配列情報から考えるための方向性が見いだせた。

The complex is formed by stereospecific formation of acid residues, physical and chemical interactions, and understanding. The formation of the complex is based on the observation of the interaction between acid and acid residues, and the formation of the compound. the formation of the complex is based on the observation of the interaction between acid residues, and the combination of acid and acid is used to determine the size of the system. The extension type is used to make a special device. The N-terminal, the C-terminal, the end, the end and the end. Three-dimensional love is known as a typical stretch, and a typical stretch. The typical stretching type, the typical stretching type, the acid configuration and the fabrication form the control of the static interaction and the repulsion force. The international information system (PDB) is designed to improve the quality of the system, to improve the performance of the system, to improve the performance of the system, and to improve the performance of the system by combining the DNA with each other. This method is used to combine the molecular weight of multi-carrier and positive-charge multi-carrier acid residues in the combination of high-temperature and high-temperature compounds. One side of the DNA is used to correct the charge multi-cycle, and the other is to combine the molecular DNA with the molecular weight of the DNA. The principles of biology and biology should be used in this paper. The typical elongation model can be used to determine whether the DNA is more than half a point in combination with each other. The equipment and the machine capacity are unknown. The extension type is not known. The positive charge multi-carrier DNA is combined with the negative load. For example, the most important information in the 75-year-old biological system is the most important, and the machine energy is unknown. In combination with DNA, there are significant differences between the two groups. The above "results" and the general "three-dimensional" formation form "interaction", "acid alignment", "research" and "directionality".

项目成果

Uchikoga, N., Ke, R., Akazawa, F., Sonoyama, M., Mitaku, S.: "Genome Scale Classification of Extended Proteins by a predictor SOSUIdumbbell"Genome Informatics. 14. 524-525 (2003)

Uchikoga, N.、Ke, R.、Akazawa, F.、Sonoyama, M.、Mitaku, S.：“通过预测因子 SOSUIdumbbell 对扩展蛋白质进行基因组规模分类”基因组信息学。