海洋ビッグデータを用いた新しい生態系評価手法の開発

利用海洋大数据开发新的生态系统评估方法

• 批准号: 15F15399
• 负责人: 長井 敏
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Fisheries Research and Education Agency
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-11-09 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15F15399/
• 关键词: ビッグデータ; メタゲノム解析; 時系列モニタリング; Alexandrium tamarense; ユニバーサルプライマー; 真核生物; プランクトン; 石垣島; 石西礁湖; 生物多様性; OTUs; 有毒渦鞭毛藻; 珪藻; Alexandrium

2012-2015年の4年間、大阪湾の2地点において、次世代シーケンサーを用いたメタゲノム解析による時系列モニタリングを実施した。貝毒原因渦鞭毛藻であるAlexandrium tamarenseの発生要因とそれに相関する環境生物因子の抽出について、複数の統計パラメータを用いて生物多様性解析を行ったところ、Shannon's index, Simpton's index, corresponding analysis、Phylogenetic aggregated structureなど、幾つか有効なパラメータを見出すことに成功した。これらのデータを用いて論文を作成し、国際誌の”Applied Environmental Microbiology”に投稿していたレビュー結果が返却された。レビュワーに指摘された主要な修正点については、水温、塩分、栄養塩濃度等の環境データを加えて、A. tamarenseの出現動向について議論することであった。このため、共同研究者である大阪府立環境農林水産総合研究所水産技術センターから環境モニタリングデータをいただき、統計解析ソフト「R」を用いて、メタゲノム解析から得られた群集構造のプロットに、群集構造の変動に有意な相関を示した環境要因を重ねてプロットする解析を試み、グラフを完成させた。論文の内容も修正を完了した。

2012-2015 In the past four years, Osaka Bay has been in operation for two years. The main causes of the development of Alexandria tamarense are related to the extraction of environmental biological factors, the use of multiple statistical methods, and the analysis of biological diversity. Shannon's index, Simpton's index, corresponding analysis, Phylogenetic aggregated structure, and several statistical methods have been successfully developed. This paper is published in the journal Applied Environmental Microbiology. The main correction points include temperature, moisture, nutrient concentration, etc. Tamarense's appearance trend is discussed. Co-researcher: Osaka Prefectural Research Institute of Environment, Agriculture, Forestry and Fisheries, Fisheries Technology, Environment, Statistics, Analysis, R, Analysis, Cluster Structure, Dynamic Cluster Structure, Intentional Correlation, Environmental Factors, Analysis, Test, and Completion The content of the paper was revised and completed.

项目成果

Bayesian inference of environmental effects and human-induced disturbance to seaweed in Japan.

日本环境影响和人为干扰海藻的贝叶斯推断。

• 发表时间: 2017
• 作者: Chen;H.;Nagai;S.;and Kishino;H.;Hungyen Chen and Satoshi Nagai
• 通讯作者: Hungyen Chen and Satoshi Nagai

An attempt to semi-quantify potentially toxic diatoms of the genus Pseudo-nitzschia in Tokyo Bay, Japan by using massively parallel sequencing technology

尝试利用大规模并行测序技术对日本东京湾的拟菱形藻属潜在有毒硅藻进行半定量

• 发表时间: 2017
• 期刊: Plankton Benthos Research
• 作者: Nagai S;Urushizaki S;Hongo Y;Chen H;Dzhembekova N
• 通讯作者: Dzhembekova N

Phylogenetically clumped species composition of marine green algae (Chlorophyta) in the temperate zone

温带海洋绿藻（绿藻）的系统发育集群物种组成

• 发表时间: 2016
• 作者: Chen;H.;Nagai;S.;and Kishino;H.;Hungyen Chen and Satoshi Nagai;Hungyen Chen and Satoshi Nagai;Hungyen Chen and Satoshi Nagai;Hungyen Chen and Satoshi Nagai;Hungyen Chen and Satoshi Nagai
• 通讯作者: Hungyen Chen and Satoshi Nagai

Phylogenetically clumped species composition of marine green algae (Chlorophyta) in the temperate zone.

温带海洋绿藻（绿藻）的系统发育集群物种组成。

• 发表时间: 2017
• 期刊: Journal of Marine Science and Technology
• 影响因子: 2.6
• 作者: Nagai S;Urushizaki S;Hongo Y;Chen H;Dzhembekova N;Hungyen Chen and Satoshi Nagai
• 通讯作者: Hungyen Chen and Satoshi Nagai

The method to detect the phylogenetic aggregation of the patterns of species temporal variation in an assemblage

检测组合中物种时间变异模式的系统发育聚集的方法

• 发表时间: 2017
• 期刊: The Proceedings of the 2017 International Forum-Agriculture, Biology, and Life Science 2017
• 作者: Hungyen Chen;Satoshi Nagai;Kwang-Tsao Shao;Hirohisa Kishino
• 通讯作者: Hirohisa Kishino