遺伝子流動が駆動する無性型３倍体フナの進化実態の解明

阐明基因流驱动的无性三倍体鲫鱼的进化

• 批准号: 15J02066
• 负责人: 三品 達平
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2018-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J02066/
• 关键词: エコゲノミクス; ゲノム進化; 性の進化; 雌性発生; アリル特異発現; 次世代シーケンサー; フナ; 倍数性; 無性生殖; 遺伝子量効果

フナ類には有性生殖をする2倍体と無性生殖のひとつである雌性発生をする3倍体が知られる。日本の3倍体フナは、大陸系統と日本系統のゲノムを交雑様にもつこと、頻繁な倍数性変化を経ていることが示唆されている。したがって、3倍体フナ類は無性生殖と交雑を経た倍数性変化という二つの大きな困難に直面すると考えられる。多様な環境で生息している3倍体フナ類に働く自然選択のパターンと倍数性変化に対する遺伝子量効果補償機構をゲノムワイドに解明することで、性や倍数性の進化の理解を深めることが本研究の目的である。第3年度目である平成29年度は、主にフナの新規ゲノム決定を進めた。高分子DNAを抽出し、10X Genomics社のChromiumを利用した全ゲノムシーケンシングを100倍の冗長度で行いアセンブルした。また長DNA配列を取得するためにナノポアDNAシーケンサーを用いて15倍の冗長度でシーケンシングし、ScaffoldingおよびGap fillingを行った。その結果、フナのゲノムサイズは約1.75Gbと推定され、Scaffold NG50で2Mbを超えるドラフトゲノムが得られた。また、前年度に行ったゲノムワイドなアリルの発現パターンに着目した解析から明らかとなった、一方の祖先親種由来（日本・大陸系統）のアリルのみが顕著に発現している遺伝子群について詳細な解析を進めた。アリル特異発現の至近要因としてメチル化に着目し、複数のmtDNA系統の同所的に生息する2倍体および3倍体フナについてメチル化された領域をゲノムワイドにシーケンシングした。その結果、異なる系統の日本列島の3倍体個体は、メチル化パターンの類似性が高い傾向があることが明らかとなった。

The triploids are known to reproduce sexually and asexually. Japan's triploidy, China's blockade and Japan's system of cross-fertilization, frequent polyploidy and transformation A triploid is a type of asexual reproduction. A triploid is a type of ploidy. A triploid is a type of reproduction. A triploid is The purpose of this study is to understand the evolution of triploids and ploidy in diverse environments. The third year of the year, the year of the year. Polymer DNA can be extracted and 10X Genomics 'Chromium can be used to achieve a complete system that is 100 times longer. The length of the DNA sequence is 15 times longer than the length of the DNA sequence. Scaffolding and Gap filling are also used. Results: Scaffold NG50 is approximately 1.75Gb, Scaffold NG50 is approximately 2Mb, Scaffold NG50 is approximately 1.75Gb, Scaffold NG50 is approximately 2Mb. In the previous year, the company had to analyze the origin of the ancestors of the party (Japan and mainland blockade), and the origin of the ancestors was analyzed in detail. The most important reason for the development of mtDNA is that it is closely related to the development of mtDNA, and it is related to the development of mtDNA. As a result, the triploid individuals of the Japanese archipelago have a high tendency to be similar.

项目成果

脊椎動物における頻繁な倍数性の進化―フナ属魚類における倍数性多型の起源―

脊椎动物频繁多倍体的进化 - 鲫鱼多倍体多态性的起源 -

• 发表时间: 2015
• 作者: 三品達平;橋口康之;三品達平，橋口康之，武島弘彦，川原玲香，佐々木剛，遠藤未来美，西田睦，渡辺勝敏;三品達平，武島弘彦，高田未来美，井口恵一朗，田畑諒一，西田睦，渡辺勝敏;三品達平，武島弘彦，高田未来美，井口恵一朗，田畑諒一，西田睦，渡辺勝敏
• 通讯作者: 三品達平，武島弘彦，高田未来美，井口恵一朗，田畑諒一，西田睦，渡辺勝敏

フナ属魚類における無性型頻度の地理的パターン：有性と無性の共存機構との関連性

鲫鱼无性型频率的地理模式：与有性和无性共存机制的关系

• 发表时间: 2017
• 作者: S. Wada;E. Kawano-Yamashita;S. Tamotsu;M. Koyanagi;A. Terakita;三品達平・渡辺勝敏
• 通讯作者: 三品達平・渡辺勝敏

雑種発生種Squalius alburnoidesは有害変異の蓄積を有性ホスト由来のアリルを利用して補償する

杂交物种 Squalius alburnoides 使用来自其性宿主的等位基因来补偿有害突变的积累。

• 发表时间: 2017
• 作者: 三品達平;橋口康之
• 通讯作者: 橋口康之

交雑起源の無性生殖種のゲノムワイドなアリル発現パターン：遺伝的不和合の補償との関連性

杂交起源的无性物种的全基因组等位基因表达模式：与遗传不相容性补偿的相关性

• 发表时间: 2016
• 作者: Miya;M.;三品達平・橋口康之・武島弘彦・川原玲香・佐々木 剛・遠藤未来美・西田 睦・渡辺勝敏
• 通讯作者: 三品達平・橋口康之・武島弘彦・川原玲香・佐々木 剛・遠藤未来美・西田 睦・渡辺勝敏

有性・無性の生殖サイクルを介した稀な遺伝子流動が促進するフナ類の多様化

通过有性和无性生殖周期的稀有基因流促进了鲫鱼物种的多样化

• 发表时间: 2015
• 作者: Tabata R;R Kakioka;K Tominaga;T Komiya and K Watanabe;伊藤僚祐・原田慈雄・田畑諒一・渡辺勝敏;三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田 睦・渡辺勝敏
• 通讯作者: 三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・田畑諒一・西田 睦・渡辺勝敏