局在光を用いたナノポア近傍におけるDNAの動的立体構造解析法の開発
局在光を用いたナノポア近傍におけるDNAの動的立体構造解析法の開発
批准号:
15J04005
负责人:
山崎 洋人
金额:
$1.39万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2015
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2015-04-24 至 2017-03-31
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英文摘要
本年度は、まず、DNA 捕捉過の蛍光観察を行い、理論計算と実験結果から、ポーラスシリコン薄膜上に無数に存在するナノポア周囲の静電場分布特性と流動特性がDNAコイルを解す過程を妨げることが示唆された。この研究成果はDNA捕捉過程観察の研究成果は国際論文誌Nano Futuresに受理され、掲載予定である。また、孔径200 nmの単一ナノポアを用いた光学的DNA通過観察から、DNAの単一ナノポア通過現象の電圧・長い依存性について測定できることが明らかとなった。最後に、孔径10 nm以下の単一ナノポアにおけるDNAナノポア通過ダイナミクスの観察を行うために、米国ノースイースタン大学のMeni Wanunu准教授の研究室に訪問した。まず、透過型電子顕微鏡をゼロモード導波路の基盤として使用される窒化シリコン薄膜上に集束させ、孔径2 nmまでのナノポアを作製することに成功した。次に、DNAを加え、蛍光観察を行ったところ、DNAナノポア通過由来の蛍光発光を得ることができなかった。この原因の検証を行うと、温度上昇が発生するために、tRNA構造変化が生じることがわかった。この結果から、励起光を窒化シリコン薄膜上に集光すると、温度変化に由来する高分子の高次構造ダイナミクスが観察できることを実証することができた。また、Wanunu研究室の博士課程 Pradeep氏と共同研究を行い、単一タンパク質の表面電荷を見積もることに成功した。。今度の展望として、励起光の吸収がない酸化シリコンを基盤とするゼロモード導波路を用いることでイオン電流測定と蛍光観察の同時測定が可能となる。また、緑レーザーを励起源として、窒化シリコンを局所加熱することで、ナノポア近傍におけるDNAダイナミクスの温度依存性に関する研究することができる。
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DOI:
10.1007/s00339-016-9764-9
发表时间:
2016-02
期刊:
Applied Physics A
影响因子:
--
作者:
[Hirohito Yamazaki;Shintaro Ito;K. Esashika;Y. Taguchi;T. Saiki]
通讯作者:
Hirohito Yamazaki;Shintaro Ito;K. Esashika;Y. Taguchi;T. Saiki
The optical observation of DNA dynamics during translocation through nanopores and in post-translocation
通过纳米孔易位期间和易位后的 DNA 动力学的光学观察
DOI:
--
发表时间:
2016
期刊:
影响因子:
--
作者:
[H. Yamazaki, S. Ito, K. Esashika and T. Saiki]
通讯作者:
K. Esashika and T. Saiki
シリコンナノポアへのDNA捕捉過程の光学的観察
硅纳米孔中 DNA 捕获过程的光学观察
DOI:
--
发表时间:
2015
期刊:
影响因子:
--
作者:
[山崎洋人, 伊藤晋太郎, アマルビー ユーゴ, 江刺家恵子, 斎木敏治]
通讯作者:
斎木敏治
ノースイースタン大学(米国)
东北大学(美国)
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
The optical observation of DNA dynamics during translocation and in post-translocation
易位期间和易位后 DNA 动力学的光学观察
DOI:
--
发表时间:
2016
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Hirohito Yamazaki, Keiko Esashika, Toshiharu Saiki]
通讯作者:
Toshiharu Saiki
共 14 条
Study of protein folding pathway using laser fabricated nanopore
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批准号:23K13642
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2023
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负责人:山崎 洋人
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依托单位:
Visualization of single protein structure energy landscape using nanopore thermoscopy
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批准号:20J00261
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$2.83万
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财政年份:2020
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负责人:山崎 洋人
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依托单位:
海外基金