細胞分化の可塑性を制御する核内構造ダイナミクスの解明

阐明控制细胞分化可塑性的核内结构动力学

• 批准号: 15J04853
• 负责人: 田中 梓
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J04853/
• 关键词: エピゲノム; 成人T細胞白血病; HTLV-1; クロマチン構造解析; シングルセル

データベースより、造血幹細胞、多能性造血前駆細胞、リンパ球系多能性前駆細胞、リンパ球系共通前駆細胞、CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、ナチュラルキラー細胞 (NK)、骨髄球系共通前駆細胞、顆粒球・マクロファージ前駆細胞、巨核球・赤芽球前駆細胞、単球、赤血球の13種類77サンプルのATAC-seqデータを取得し、t-SNEやCIBERSORT アルゴリズムをなどを用いた解析を行った。その結果、ATL細胞は特定の細胞分画に近いわけではなく、複数の血球分画の要素を含む独自のクロマチン構造を有していることがわかった。一方HAM症例はCD4陽性T細胞にクロマチン構造が類似していることが比較解析より明らかとなった。またATAC-seqデータの詳細な解析により、ATL症例では転写開始点周辺のヌクレオソームの配置が健常人の血球サンプルと比較してまばらでヌクレオソームフリーな領域が多く、クロマチン構造が大きく崩れていることが示唆された。ATL症例と全ての血球分画のクロマチン構造を比較解析することで、どのATL症例でもクロマチンが開いているにも関わらず他の血球分画ではクロマチンが閉じている領域が複数あることが明らかとなった。それらの領域周辺にある遺伝子に着目し、mRNAの発現を調べることで、ATL症例で特異的に機能している遺伝子の絞り込みを行った。それらの1つは先行研究で報告のあるEVC遺伝子であり、他の遺伝子もATL症例で重要な機能を持つのではないかと考えられ機能解析を進めている。

Hematopoietic stem cells, pluripotent hematopoietic progenitor cells, erythroid pluripotent progenitor cells, erythroid common progenitor cells, CD4 positive T cells, CD8 positive T cells, B cells, NK cells, erythroid common progenitor cells, granulocytes, erythroid progenitor cells, megakaryocytes, erythroid progenitor cells, lymphocytes, erythrocytes, 13 types of ATAC-seq cells were obtained. t-SNE and CIBERSORT are used for analysis. As a result, ATL cells have a specific cell profile, and a plurality of cell profile elements include a unique structure. A case of HAM is similar to that of CD4-positive T cells. ATAC-seq data is analyzed in detail. ATL cases are characterized by a large number of data structures, which are arranged around the start point of the data structure and are compared with healthy human cells. ATL cases and whole blood cell analysis of the structure of the comparative analysis of ATL cases and open to close to the other blood cell analysis of the field and complex. The expression of mRNA is regulated in the peripheral region of the cell. The expression of mRNA is regulated in the peripheral region of the cell. The expression of mRNA is regulated in the peripheral region of the cell. A report on EVC heritage is presented. ATL syndrome is an important function.

项目成果

Dynamic Changes of Chromatin Structure and Transcriptome By Transient Expression of HTLV-1 Tax in ATL Cells

ATL 细胞中 HTLV-1 Tax 瞬时表达导致染色质结构和转录组的动态变化

• 发表时间: 2018
• 作者: Daisuke Kurita;Jun-ichirou Yasunaga;Azusa Tanaka;Mahgoub Mohamed and Masao Matsuoka
• 通讯作者: Mahgoub Mohamed and Masao Matsuoka

成人T細胞白血病細胞のクロマチン構造解析

成人T细胞白血病细胞的染色质结构分析

• 发表时间: 2017
• 作者: 田中梓;安永純一朗;藤本明洋;松岡雅雄
• 通讯作者: 松岡雅雄

Myotonic dystrophy type 1 patient-derived iPSCs for the investigation of CTG repeat instability.

• DOI: 10.1038/srep42522
• 发表时间: 2017-02-13
• 期刊: Scientific reports
• 影响因子: 4.6
• 作者: Ueki J;Nakamori M;Nakamura M;Nishikawa M;Yoshida Y;Tanaka A;Morizane A;Kamon M;Araki T;Takahashi MP;Watanabe A;Inagaki N;Sakurai H
• 通讯作者: Sakurai H

間欠的HTLV-1 Tax発現に伴うクロマチン構造およびトランスクリプトーム変化

与间歇性 HTLV-1 Tax 表达相关的染色质结构和转录组变化

• 发表时间: 2018
• 作者: 栗田 大輔;安永 純一朗;田中 梓;マハジョウブモハメド;松岡 雅雄
• 通讯作者: 松岡 雅雄

Dynamics of Epigenome During Cardiac Differentiation: A New Approach to Chromatin Status at Ultra-low Level

心脏分化过程中表观基因组的动态：超低水平染色质状态的新方法

• 发表时间: 2015
• 作者: 田中梓;中村正裕;渡辺亮
• 通讯作者: 渡辺亮