ＮｘｒＢ遺伝子群に基づいた新規な亜硝酸酸化細菌の探索と系統学的な分類

基于NxrB基因组的新型亚硝酸氧化细菌的搜寻及系统发育分类

• 批准号: 15J08166
• 负责人: 牛木 章友
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: Waseda University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J08166/
• 关键词: 機能遺伝子; nxrB遺伝子; FACS; LMD; in situ RCA-FISH; 亜硝酸酸化細菌

昨年度において、in situ RCA-FISHによってnxrB遺伝子を保持する微生物の蛍光標識に成功した。そこで今年度は蛍光標識した微生物を選択的に分離、同定を試みた。まず、in situ RCA-FISHによって標識した蛍光標識をセルソーティングシステム(FACS)で識別できるかを検討した。コントロールとしてnxrB遺伝子を保持するNitrospira sp. ND1株を使用した。In situ RCA-FISHによって蛍光標識したNitrospira sp. ND1株を超音波処理によって緩やかに分散し、回収した。回収したNitrospira sp. ND1株をFACSに供試し、蛍光標識に基づいて解析した。蛍光強度が高いエリアからソーティングを行い、観察を行った。しかしながら、蛍光顕微鏡による観察を行った結果、蛍光標識されているNitrospira sp. ND1株は確認されなかった。蛍光標識したNitrospira sp. ND1株がソーティングされない原因として、in situ RCA-FISHで蛍光標識したNitrospira sp. ND1株を超音波により回収する際に、蛍光プローブの乖離が考えられる。そこで、FACSによる回収は困難であると考え、レーザーマイクロダイセクションシステム（LMD）による回収に切り替えた。上記のin situ RCA-FISHで蛍光標識したNitrospira sp. ND1株をLMDにより、回収を試みた結果、メンブレンフィルターをレーザーにより切り取ることに成功した。しかし、LMDで回収する際に直径約50μmの大きさで回収するため、目的のin situ RCA-FISHで蛍光標識した微生物以外の微生物も回収してしまう。したがって、LMDによる微生物の回収、同定も困難であった。

Yesterday annual に お い て, the in situ RCA - FISH に よ っ て nxrB heritage 伝 the を maintain す る microbial の 蛍 light logo に successful し た. そ こ で our は 蛍 light logo し た microbial を sentaku に separation, with fixed を try み た. ま ず, the in situ RCA - FISH に よ っ て logo し た 蛍 light logo を セ ル ソ ー テ ィ ン グ シ ス テ ム (both FACS) で recognition で き る か を beg し 検 た. コ ン ト ロ ー ル と し て nxrB posthumous son 伝 を keep す る Nitrospira sp. ND1 を strains using し た. In situ RCA-FISHによって蛍 photolabeling たNitrospira sp. ND1 plant を ultrasonic treatment によって slow や に に dispersion <s:1> and reabsorption た. Reproducing を たNitrospira sp. ND1 strain をFACSに test <s:1> 蛍 light label に base づ て て て analysis た. High 蛍 light intensity が い エ リ ア か ら ソ ー テ ィ ン グ lines を い, 観 examine を っ た. し か し な が ら 蛍 light 顕 micromirror に よ る 観 examine を line っ た results, 蛍 light logo さ れ て い る Nitrospira sp. ND1 strains は confirm さ れ な か っ た. 蛍 light logo し た Nitrospira sp. ND1 strains が ソ ー テ ィ ン グ さ れ な い reason と し て, the in situ RCA - FISH で 蛍 light logo し た Nitrospira sp. ND1 strains を ultrasound に よ り back 収 す る interstate に 蛍 light プ ロ ー ブ の stays が exam え ら れ る. そ こ で, both FACS に よ る back 収 は difficult で あ る と え test, レ ー ザ ー マ イ ク ロ ダ イ セ ク シ ョ ン シ ス テ ム (LMD) に よ る back 収 に り cutting for え た. Written の in situ RCA - FISH で 蛍 light logo し た Nitrospira sp. ND1 strains を LMD に よ り, hui 収 を try み た results, メ ン ブ レ ン フ ィ ル タ ー を レ ー ザ ー に よ り cut り take る こ と に successful し た. し か し, LMD で back 収 す る interstate に about 50 microns in diameter の big き さ で back 収 す る た め, purpose の in situ RCA - FISH で 蛍 light logo し た microorganisms outside の も back 収 し て し ま う. Youdaoplaceholder0 たがって, LMDによる microbial <s:1> redevelopment, same determination of たがって difficulty であった.