蛋白質内プロトン・イオン移動反応と局所・全体構造変化の連動機構の解明

阐明蛋白质内质子/离子转移反应与局部和整体结构变化之间的连锁机制

• 批准号: 15J09896
• 负责人: 馬場 剛史
• 金额: $ 1万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-24 至 2016-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15J09896/
• 关键词: 生物物理; 構造変化

生体機能を調節する膜蛋白質(例えばロドプシン)の機能は「水素イオンのポンプ」、「イオン輸送」など多岐に渡る。この膜蛋白質の中で、1）水素イオンポンプ機能を有しているバクテリオロドプシン（bR）、2）陽イオンを輸送するチャネルロドプシン（ChR）はG蛋白質のモデル蛋白質として、さらにはプロトン移動反応のモデル蛋白質として、非常に重要な蛋白質である。本研究では申請者が開発したPaCS-MD(蛋白質の状態間を接続することができる画期的な計算技術)を利用する。ロドプシンファミリー蛋白質を例にとって「小さな局所的構造変化が、蛋白質により増幅され、数十オングストローム規模で伝播し、（大きな）反応を誘起する機構」を明らかにし、機能と構造の連動性を解明することを主目的としている。本年度はbRを用いてプロトン移動と蛋白質の大規模構造変化の連動性・レチナールの異性化による蛋白質への影響を明らかにする。具体的には、既知の構造変化をPaCS-MDを使用して接続することを目標とした。本年度開始した研究であるため、現段階ではあまり解析が進んでいない。これまで報告されている多くの構造解析データに関して、現在構造情報を精査中の状況である。一方で、今後の研究に必要な情報である力場の作成に取り組んでおり、有用な力場を完成させている。今後、これらのデータが融合されることによって、蛋白質内プロトン・イオン移動反応と局所・全体構造変化の連動機構が明らかにする予定である。

The biological mechanism can be used to detect the membrane protein (for example, the membrane protein, the membrane protein and the membrane protein. In the membrane protein monitoring system, 1) there is a sensitive membrane protein sensor (bR), and 2) the membrane protein concentration (ChR) is different from that of the normal membrane protein (ChR). In this study, applicants began to make full use of the PaCS-MD (calculation technology for the drawing period of the protein-like interface). This is very important to the information system of the local office, the production of protein, the production of protein, the broadcast of tens of thousands of data, and the response of the mechanism to the understanding of the main purpose of the system. This year, bR uses the system to move the protein model to create a link model that makes it easier to change the protein profile. Specific information, known to build and change the PaCS-MD to use "contact" to meet the target. At the beginning of this year, we will begin to study and analyze the progress of the research and analysis. Please tell me that the report has been analyzed and analyzed, and that you are now in the process of creating a situation. On the one hand, it is necessary to study the situation in the future and make it possible to use the force field to complete the research. In the future, the information system will be integrated into the information system, the protein system and the anti-marketing agency of the anti-marketing bureau to make sure that the information is available.