New approaches for biostructure modeling from low-resolution experimental data

利用低分辨率实验数据进行生物结构建模的新方法

• 批准号: 16K07286
• 负责人: Miyashita Osamu
• 金额: $ 3.16万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-10-21 至 2020-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K07286/
• 关键词: モデリング; シミュレーション; クライオ電子顕微鏡; X線結晶構造解析; 計算構造生物学; タンパク質; 構造モデリング; フィッティング; ハイブリッドアプローチ; 分子動力学シミュレーション; ハイブリッドモデリング; 電子顕微鏡; ベイズ統計; 生体高分子

项目成果

構造解析へのハイブリッドアプローチ : 電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用

结构分析的混合方法：利用电子显微镜和 X 射线自由电子激光器的实验数据

• 发表时间: 2017
• 作者: 上田拓実;小濱祐里;久下綾菜;城戸恵梨子;太田あづ美;桜井博;宮下治;宮下治;宮下治;Osamu Miyashita;宮下治;宮下治;宮下治
• 通讯作者: 宮下治

Hybrid Structure Modeling of Biomolecules from Cryo-EM Data

根据冷冻电镜数据对生物分子进行混合结构建模

• 发表时间: 2019
• 作者: 上田拓実;小濱祐里;桜井博;宮下治
• 通讯作者: 宮下治

Dynamics hidden within X-ray crystallographic data

隐藏在 X 射线晶体学数据中的动力学

• 发表时间: 2018
• 作者: 上田拓実;小濱祐里;久下綾菜;城戸恵梨子;太田あづ美;桜井博;宮下治;宮下治;宮下治;Osamu Miyashita
• 通讯作者: Osamu Miyashita

Computational Protocol for Assessing the Optimal Pixel Size to Improve the Accuracy of Single-particle Cryo-electron Microscopy Maps

• DOI: 10.1021/acs.jcim.9b01107
• 发表时间: 2020-05-26
• 期刊: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING
• 影响因子: 5.6
• 作者: Tiwari, Sandhya P.;Chhabra, Sahil;Miyashita, Osamu
• 通讯作者: Miyashita, Osamu

Hybrid Methods for Macromolecular Modeling by Molecular Mechanics Simulations with Experimental Data.

通过分子力学模拟和实验数据进行大分子建模的混合方法。

• DOI: 10.1007/978-981-13-2200-6_13
• 发表时间: 2018
• 期刊: Advances in experimental medicine and biology
• 作者: O. Miyashita;F. Tama
• 通讯作者: F. Tama