权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

環境水中における共進化を通じた細菌とウイルスの遺伝的多様性の創出と維持機構の解明

阐明环境水中细菌和病毒通过共同进化产生和维持遗传多样性的机制

基本信息

批准号：
16J08078
负责人：
木村成子
金额：
$ 2.83万
依托单位：
The University of Shiga Prefecture
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-22 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、深見池湖底年縞堆積物を用いて、共進化を通した宿主－ファージ多様化の様式を調べることを目的としている。本年度は、年縞堆積物10層のvirome解析を行い、昨年度行った16S rRNA遺伝子を用いた年縞堆積物中のシアノバクテリア群集組成解析結果より選定した3属（ドリコスペルマム属、シネココッカス属およびアファニゾメノン属）を宿主とするファージの遺伝子配列の抽出を行った。イルミナ社MiSeqを用いて配列を決定し、SPAdesを用いてアッセンブルを行った結果、1kbp以上の7～3,114コンティグを得た。次に、global viral database (Cobian et al., 2016) を用いて、FRAP (fragment recruitment, assembly, purification) 法に従って、これらのファージコンティグの宿主同定を行なった。その結果、選定した３属のシアノファージ由来のコンティグを得ることができた。シネココッカス属は1938年以降の層で、プロクロロコッカス属は1662年および2010年の層で、ミクロキスティス属は1756年および2006年以外の8層より得られた。ドリコスペルマム属に感染するファージコンティグを得るため、深見池から分離した3株およびNIES株2株のCRISPR（ファージ感染履歴が得られる領域）の解析を行なった。このCRISPR領域の配列をデータベースとしたファージコンティグのBlast検索によるドリコスペルマム感染ファージの探索を行なった。本解析は継続中であり、現在解析を終了した1層分のファージコンティグより２コンティグをドリコスペルマム感染ファージとして得ている。したがって、本研究より過去350年に渡る堆積物より、シアノファージコンティグを得ることができ、継時的なファージ遺伝子の多様性解析の可能性が示唆された。

In this study, we can see that the use of active materials in the bottom year of Chi Lake has been studied, and the host of the reactor has been developed in the same year. This year, 10 years of virome analysis of active materials, and last year's 16s rRNA clusters were grouped into clusters of annual active materials. The results show that you have selected the following 3 genera. The host hosts are assigned to extract rows. For example, the MiSeq of the social network has been assigned to make a decision, the SPAdes has been used to make a decision, and the results have been calculated in the 1kbp above 7. 3114. Secondary, global viral database (Cobian et al., 2016), FRAP (fragment recruitment, assembly, purification) methods are used to determine the location of the host. According to the results, it is selected that the number 3 belongs to the reason for which the reason is that you can get the result. Since 1938, this has been the case since 1938. In 1662, in 2010, and in the year of 1756, in addition to 2006, eight years have been awarded. There are three strains of NIES in the deep pool, and two strains of CRISPR (in the field of infection). In the field of CRISPR, you will be assigned to explore the lines of Blast, infection, and exploration. In this analysis, we have analyzed the situation in the hospital, and now we have analyzed the number of people in the hospital. I don't know. I don't know. In this study, over the past 350 years, the possibility of multiplicity analysis has been demonstrated in the past 350 years.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Metagenomic analysis of cyanoviral communities in lake water and sediments of Lake Fukami-ike

深见池湖水和沉积物中蓝藻病毒群落的宏基因组分析

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kimura S.;Y. Otake;T. Yoshida;Y. Sako;H. Ohtsuki;J Urabe;K. Yamada;S. Tanabe and T. Yoshida.
通讯作者：
S. Tanabe and T. Yoshida.

Microcystis population dynamics associated with its infectious phages detected by the leader-end CRISPR fragment analysis in a natural pond

通过前导末端 CRISPR 片段分析在天然池塘中检测到与其感染性噬菌体相关的微囊藻种群动态