モデル植物の自然変異を用いた病害虫群集のゲノムワイドな理解と予測

利用模型植物的自然变异对病虫害群落进行全基因组理解和预测

• 批准号: 16J30005
• 负责人: 佐藤 安弘
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: Ryukoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-22 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16J30005/
• 关键词: 植物生態学; 動植物相互作用; 生態学

２０１７年は当該課題「モデル植物の自然変異を用いた病害虫群集のゲノムワイドな理解と予測」の２年目にあたる。２０１６年度の予備実験では、野外に移植したシロイヌナズナで食害昆虫の数や群集組成に有意な系統間差がみられた。この結果を参考に、２０１７年度はシロイヌナズナ２００野生系統８反復を日本とスイスの２箇所に移植し、野外の虫害データを基にしたゲノムワイド関連解析を進めた。日本では６月に野外移植実験を行い、その後７月にチューリッヒ大学に滞在してスイスでの実験を行った。いずれの調査地でも短日条件の室内で８週間栽培した植物を１ヶ月間野外に移植し、全ての個体に付着する昆虫を計７回調査した。主な植食者として、日本ではコナガ、モンシロチョウ、ネギアザミウマが、スイスではノミハムシ、ミカンキイロアザミウマが出現した。実験終了後に各調査地で植物１０００個体からRNAサンプルを取得し、今後のトランスクリプトーム解析のために数百検体のRNAを抽出した。野外実験が終了した後はゲノムワイド関連解析を進めるために、発表済の一塩基多型データを入手し、解析環境を整備した。研究代表者が科学技術振興機構さきがけ専任研究者に採択されたことにより、本課題は年度途中で終了したものの、得られたゲノムワイド関連解析用データとRNAサンプルはさきがけ課題の一部として継承された。よって、本学振課題から得られた成果は同学術分野における今後の研究に資するものであると考えられる。

は in 2017 when the subject "モ デ ル の natural plant - different を with い た pest cluster の ゲ ノ ム ワ イ ド な understand と to measure" の 2 years に あ た る. 2016 の reserve be 験 で は, wild に transplantation し た シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ で food against insects の of several や cluster に intentionally な system difference between が み ら れ た. こ の を reference に, 2017 annual は シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ 200 wild system 8 repeatedly を Japan と ス イ ス の し に transplantation, the wild の pests by two デ ー タ を base に し た ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing を into め た. June に transplant be wild Japanese で は 験 を い, そ の after July に チ ュ ー リ ッ ヒ university に lag in し て ス イ ス で の be 験 を line っ た. い ず れ の survey to で も の short day conditions between indoor で 8 weeks cultivation し た を ヶ 1 month between the wild plants し に transplantation, whole て の pay the individual に す る insects を meter 7 back to investigate し た. Main な plant eaters と し て, Japan で は コ ナ ガ, モ ン シ ロ チ ョ ウ, ネ ギ ア ザ ミ ウ マ が, ス イ ス で は ノ ミ ハ ム シ, ミ カ ン キ イ ロ ア ザ ミ ウ マ が appear し た. Be 験 に after the end of each survey で plant 1000 individual か ら RNA サ ン プ ル を obtain し, future の ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing の た め に を drew hundreds of 検 body の RNA し た. After the end of the field be 験 が し た は ゲ ノ ム ワ イ ド masato even parsing を into め る た め に, 発 table 済 の type a salt Quito デ ー タ を し and analytic environment gearing up を し た. Research representatives が science and technology agency さ き が け 専 as researchers に mining 択 さ れ た こ と に よ り, this topic は し end of the year on the way で た も の の, ら れ た ゲ ノ ム ワ イ ド masato even use parsing デ ー タ と RNA サ ン プ ル は さ き が け subject の a と し て 継 bearing さ れ た. Youdaoplaceholder0, the られた achievements obtained from this academic research project ら ら are in line with the academic field における. In the future, に research に funds are provided for する よって であると であると えられる to explore えられる.

项目成果

Associational effects and the maintenance of polymorphism in plant defense against herbivores: review and evidence

植物防御食草动物的关联效应和多态性的维持：回顾和证据

• DOI: 10.1111/1442-1984.12201
• 发表时间: 2018
• 期刊: Plant Species Biology
• 影响因子: 1.4
• 作者: Sato Yasuhiro

Herbivore-Mediated Interaction Promotes the Maintenance of Trichome Dimorphism through Negative Frequency-Dependent Selection

草食动物介导的相互作用通过负频率依赖性选择促进毛状体二态性的维持

• DOI: 10.1086/692603
• 发表时间: 2017
• 期刊: The American Naturalist
• 作者: Sato Y;Kudoh H
• 通讯作者: Kudoh H

University of Zurich/Kentaro K. Shimizu lab.(Switzerland)

苏黎世大学/Kentaro K. Shimizu 实验室（瑞士）

University of Zurich/IEU/Prof. Kentaro K. Shimizu group(Switzerland)

苏黎世大学/IEU/Prof.

Associational effects and the maintenance of trichome dimorphism in a wild Arabidopsis

野生拟南芥中毛状体二态性的关联效应和维持

• 发表时间: 2017
• 作者: Sato Y;Ito K;Kudoh H
• 通讯作者: Kudoh H