モデル植物の自然変異を用いた病害虫群集のゲノムワイドな理解と予測

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２０１７年は当該課題「モデル植物の自然変異を用いた病害虫群集のゲノムワイドな理解と予測」の２年目にあたる。２０１６年度の予備実験では、野外に移植したシロイヌナズナで食害昆虫の数や群集組成に有意な系統間差がみられた。この結果を参考に、２０１７年度はシロイヌナズナ２００野生系統８反復を日本とスイスの２箇所に移植し、野外の虫害データを基にしたゲノムワイド関連解析を進めた。日本では６月に野外移植実験を行い、その後７月にチューリッヒ大学に滞在してスイスでの実験を行った。いずれの調査地でも短日条件の室内で８週間栽培した植物を１ヶ月間野外に移植し、全ての個体に付着する昆虫を計７回調査した。主な植食者として、日本ではコナガ、モンシロチョウ、ネギアザミウマが、スイスではノミハムシ、ミカンキイロアザミウマが出現した。実験終了後に各調査地で植物１０００個体からRNAサンプルを取得し、今後のトランスクリプトーム解析のために数百検体のRNAを抽出した。野外実験が終了した後はゲノムワイド関連解析を進めるために、発表済の一塩基多型データを入手し、解析環境を整備した。研究代表者が科学技術振興機構さきがけ専任研究者に採択されたことにより、本課題は年度途中で終了したものの、得られたゲノムワイド関連解析用データとRNAサンプルはさきがけ課題の一部として継承された。よって、本学振課題から得られた成果は同学術分野における今後の研究に資するものであると考えられる。