The conservation and landscape genetics of tidal marshes after the Great Tohoku Earthquake

东北大地震后潮汐沼泽的保护和景观遗传学

• 批准号: 17K00644
• 负责人: 大林 夏湖
• 金额: $ 3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-01 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K00644/
• 关键词: 保全遺伝学; 東日本大震災; 塩生湿地植物; オオクグ; SSR解析; 集団遺伝構造

平成30年度は昨年度採集した標本サンプル整理、DNA抽出のための下処理を行った。またOhbayashi et al (2008, 2017)のオオクグ7遺伝子座の核マイクロサテライトマーカーについてMultiplex PCRの検討を行い、より簡便で安価なPCRを行うための手法改良を行った。さらに、福島大学資料研究所所蔵のオオクグの貴重な東日本大震災津波前の標本をご提供いただけることとなり、これらからのDNA抽出の検討を行った。Ohbayashi et al (2008)のマイクロサテライトマーカーでは、遺伝的多様性解析に使用する複数の遺伝子で断片長の長短の差異が存在している。これらのことから１回のPCRで複数の遺伝子座を同時に増やすことが可能かどうか手法検討を行った。その結果、3遺伝子座についてはMultiplexが可能であったため、今後の解析ではこの手法を取り入れることとした。また、新手法を使用することによる断片長の変化の補正は、2008年に採取した島根県・大橋川個体群の遺伝子型が異なる旧手法での既知の断片長を用いて補正を行い、今後のStructure解析に使用する予定である。福島大学資料研究所所蔵の津波前の貴重な標本については、通常のCTAB法でのDNA抽出を行い、MigSeq解析で使用する1st PCRプライマーでの増幅を試みたが、長い増幅DNAを得ることが難しかった。これは乾燥標本であること、また古い標本は50年以上前のものであることに起因すると考えられ、別手法の適用が必要であることが明らかになった。また、これらの標本抽出DNAについて上記MultiplexでのSSRマーカーによる増幅を試みる予定である。

In 2010, the company collected DNA and extracted DNA. Ohbayashi et al.(2008, 2017), a review of the methods used in the study of multiplex PCR, and a review of the methods used in the study of Multiplex PCR. The Institute of Data Science and Technology of Fukushima University provides information on DNA extraction before the Great East Japan Earthquake. Ohbayashi et al (2008) show that there are differences in the length of fragments in the analysis of diversity of fragments using multiple fragments. The PCR of the first loop and the PCR of the second loop are all carried out simultaneously. The result of the analysis is that there is no way to solve the problem. In 2008, the new method was adopted to correct the variation of the fragment length. In 2008, the old method was adopted to correct the variation of the fragment length. In 2008, the new method was adopted to correct the variation of the fragment length. In 2008, the Structure analysis was performed in the future. DNA extraction using the usual CTAB method, MigSeq analysis, and amplification using the 1st PCR protocol. The reason for this is that it is necessary to use different methods. The DNA extracted from the DNA was recorded in the Multiplex.