高変異率実験進化による進化工学的な微生物ゲノム縮小手法の開発

利用高突变率实验进化开发进化工程微生物基因组缩减方法

• 批准号: 17J07299
• 负责人: 芝井 厚
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-26 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17J07299/
• 关键词: 進化工学

本研究では、ランダム変異に基づく進化工学的な細菌ゲノム縮小手法を開発することを目的とした。モデル生物として大腸菌を用い、変異原としては紫外線を用いた。そしてこれらで構築した高変異率条件下で長期の培養実験を行い、大腸菌ゲノム上に生じた変異を次世代シーケンサにより検出した。特に、遺伝子不活化性変異、およびゲノムDNAの一部の欠損、挿入を検出することで、あらかじめ不活化性変異が生じていた個所にDNA欠損が起こりやすい、という仮説を検証することを目指した。本年度の活動で、一部の試料についてシーケンシングを完了した。シーケンシングは外部委託を用い、その費用を主な経費とした。また複数の国内学会に参加して研究経過について発表を行った。本研究の意義は、進化工学的なゲノム単純化が、機能遺伝子数の減少だけでなくゲノムDNAサイズの縮小を伴うような、より総合的な細菌ゲノム縮小手法であることを示すためのデータを得ることである。結果、シーケンシングを行った3つの試料のすべてについて、ゲノム長が短くなる方向の変化があったことを示した。これは本手法の目的であるゲノム縮小効果の存在を部分的に支持するものであるといえる。今後は、得られたデータをさらに解析して、不活化性変異の発生とDNA欠損の発生の相関について検証することを試みる。本研究のこれまでの提案および結果は、既存のゲノム縮小手法である遺伝学的手法の問題点を回避する新たな手法を検討するという点で重要であると考える。

In this study, we did a lot of research on the basic technology of chemical engineering, and we used a few tricks for the purpose of this study. Please use the biological equipment to use the bacteria, and the original ones to use the ultraviolet ray. Under the condition of high prevalence rate, long-term training is needed to increase the production rate of bacteria, and the next generation is in good health. Special information, please do not activate the child, the DNA is not available, the import, export, inactivation, inactivation, inactivation This year's activity program and one program are expected to finish this year. Please tell me that the external delegation is using your client, and that you are using your primary employer. The Chinese Academy of Social Sciences has participated in the study of multiplicative data. In this study, the meaning of chemical engineering, the number of computers, the number of DNA, the number of bacteria in this study, the meaning of this study, the meaning of chemical engineering, the number of people, the number of people, The results show that there are significant differences between the two groups in the direction of long-term and short-term operation. The purpose of this technique is to support the existence of small fruits in the support section. In the future, you will need to know that you will not be able to activate your DNA. In the future, you will not be able to do this. This study examines the results of the proposed proposal, the existing gimmicks, the techniques of learning, the avoidance of the new techniques, the important points of the study.

项目成果

実験進化による細菌細胞の単純化

通过实验进化简化细菌细胞

• 发表时间: 2017
• 作者: Akira Nagaoka;Kenji Yoshino;Yoshitaro Nose;Darius Kuciauskas;Michael A. Scarpulla;Ken Takakusa;高艸賢;高艸賢;芝井厚，石澤裕佳，津留三良;芝井厚，元岡大祐，中村昇太，津留三良;芝井厚，元岡大祐，中村昇太，津留三良
• 通讯作者: 芝井厚，元岡大祐，中村昇太，津留三良

高変異原性環境による細菌ゲノムの単純化進化

高诱变环境中细菌基因组的简化进化

• 发表时间: 2017
• 作者: Akira Nagaoka;Kenji Yoshino;Yoshitaro Nose;Darius Kuciauskas;Michael A. Scarpulla;Ken Takakusa;高艸賢;高艸賢;芝井厚，石澤裕佳，津留三良;芝井厚，元岡大祐，中村昇太，津留三良
• 通讯作者: 芝井厚，元岡大祐，中村昇太，津留三良

高変異率環境での大腸菌の長期進化実験

高突变率环境下大肠杆菌长期进化实验

• 发表时间: 2017
• 作者: Akira Nagaoka;Kenji Yoshino;Yoshitaro Nose;Darius Kuciauskas;Michael A. Scarpulla;Ken Takakusa;高艸賢;高艸賢;芝井厚，石澤裕佳，津留三良
• 通讯作者: 芝井厚，石澤裕佳，津留三良