アオウミガメの個体数増加が藻場に与える生態学的インパクトの解明

阐明绿海龟种群增长对海藻床的生态影响

• 批准号: 18J00353
• 负责人: 浜端 朋子
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-25 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18J00353/
• 关键词: アオウミガメ; 北太平洋; MSMC; ゲノム; 集団構造

昨年度までに取得し終えていたリシーケンスデータ及び、６個体の追加データ、さらに2013年ドラフトゲノム構築に使用された個体のリードデータもNCBIから取得して北太平洋全域から全25個体のゲノムデータを揃えた。最終年度となる本年度は、当初予定されていた時期よりも遅れたものの11月末にVertebrate Genome Projectの対象種として染色体レベルまでアセンブルされたアオウミガメのゲノムが新たに公開された。この新たなゲノムをリファレンスとして系統樹やPCA解析を元に集団構造を確認した。さらに以前のバージョンのドラフトゲノムではリソースの限界からできなかった、Multiple sequentially Markovian coalescent (MSMC)モデルを用いて複数個体のゲノムデータで実施する過去の有効集団サイズの変遷を推定した。また集団間の過去の遺伝子流動についても推定し、小集団による集団が維持される中で起こった近親交配についても推定した。その結果、北太平洋は地域間で明瞭な集団構造が確認された。特に、北限の小笠原諸島の集団の有効集団サイズは、およそ100万年前から低緯度集団とは異なる挙動を示し、低緯度集団に比べて小さな有効集団サイズで推移したことがMSMCにより明らかになった。この結果は、昨年度まで行っていた１個体のゲノムを用いてPairwise sequentially Markovian coalescent (PSMC)モデルによって推定する手法では不明瞭であったが、今年度のデータにより確認することができた。地域集団間で過去に頻繁な遺伝子流動が起きた形跡についても確認されず、アオウミガメはメスの母浜回帰だけでなく、オスも生まれた地域へ戻って繁殖する性質が強く、その生態が集団構造の維持に働いたことが全ゲノム解析により示された。

Last year, the whole North Pacific was awarded with a total of 25 units in the North Pacific region through the use of six additional units, one for 2013, and the other for the whole of the North Pacific. Last year, all 25 units in the North Pacific Ocean were obtained by using the software, which was used in the whole North Pacific. The most recent year is the end of this year, when it was originally scheduled for the end of November. In the end of November, there will be a new round of public competition in Vertebrate Genome Project. Please make sure that the data set of the PCA parsing system is validated. In the past, we need to know that the limit is not valid. Multiple sequentially Markovian coalescent (MSMC) uses a number of data to copy the data. In the past, there are data sets that can be presumed. The child flow is used to maintain the presumption of inbreeding, and the cluster of small clusters is used to maintain the presumption of inbreeding. The results show that the North Pacific region has a clear understanding of the collection and confirmation of the data. The special and northern limit of the Ogasawara Ogasawara collection are as follows: the Ogasawara, 1 million years ago, the low temperature, the lower, the lower, the lower, The results show that last year, we did not know how to use Pairwise sequentially Markovian coalescent (PSMC) to determine whether or not one person was found to have an error. This year, we have confirmed that we are not aware of the error. In the regional set, the data flow is used to ensure that the data is confirmed, the mother is returned to the local environment, and the environmental protection is propagated in the region, and the ecological set is used to maintain the security of the system.

项目成果

太平洋におけるアオウミガメ北限個体群の構造解析

太平洋绿海龟北界种群结构分析

• 发表时间: 2019
• 作者: 浜端朋子;近藤理美;松尾歩;陶山佳久;河田雅圭
• 通讯作者: 河田雅圭

Natal Origin Identification of Green Turtles in the North Pacific by Genome-Wide Population Analysis With Limited DNA Samples

通过有限 DNA 样本的全基因组群体分析鉴定北太平洋绿海龟的出生起源

• DOI: 10.3389/fmars.2020.00658
• 发表时间: 2020
• 期刊: Frontiers in Marine Science
• 影响因子: 3.7
• 作者: Hamabata Tomoko;Matsuo Ayumi;Sato Mitsuhiko P.;Kondo Satomi;Kameda Kazunari;Kawazu Isao;Fukuoka Takuya;Sato Katsufumi;Suyama Yoshihisa;Kawata Masakado
• 通讯作者: Kawata Masakado

The evolutionary history and global phylogeography of the green turtle (Chelonia mydas)

• DOI: 10.1111/jbi.13483
• 发表时间: 2019-05-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOGEOGRAPHY
• 影响因子: 3.9
• 作者: Jensen, Michael P.;FitzSimmons, Nancy N.;Dutton, Peter H.
• 通讯作者: Dutton, Peter H.

Significant loss of genetic diversity and accumulation of deleterious genetic variation in a critically endangered azalea species, Rhododendron boninense, growing on the Bonin Islands

小笠原群岛上生长的极度濒危杜鹃花品种博宁杜鹃遗传多样性显着丧失，有害遗传变异不断积累

• DOI: 10.1111/1442-1984.12270
• 发表时间: 2020
• 期刊: Plant Species Biology
• 影响因子: 1.4
• 作者: Yuji Isagi;Takashi Makino;Tomoko Hamabata;Ping-Lin Cao;Satori Narita;Yoshiteru Komaki;Kazuki Kurita;Akiyo Naiki;Yoshiaki Kameyama;Toshiaki Kondo;Mayu Shibabayashi
• 通讯作者: Mayu Shibabayashi

Inferred adult foraging grounds of two marine turtle species nesting at Amami-Oshima, Japan

推断在日本奄美大岛筑巢的两种海龟的成年觅食地

• 发表时间: 2019
• 期刊: Chelonian Conservation and Biology
• 影响因子: 0.7
• 作者: Oki K;Hamabata T;Arata T;Parker DM;Ng CKY;Balazs GH
• 通讯作者: Balazs GH