ウミガメ類における過去の種間交雑と遺伝子浸透による新規環境適応の検証

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昨年度に更新されたアオウミガメのリファレンスゲノムを用いて変異を取得し解析を進めていたが、更新後の染色体は、IDの変更に伴って、一部GATKを用いての変異コールができない不具合が見つかった。そこでGATK用にIDを修正し、改めて変異の取得、再フィルタリングをやり直し、交雑推定の解析に着手した。さらに年度末にアカウミガメも染色体レベルでアセンブルされたリファレンスゲノムがアーカイブでリリースされ、利用できる状態になった。当初の研究計画では全てアオウミガメのリファレンスゲノムで行う予定で進め、変異箇所を確認してきたが、解析方法の変更を検討する必要も出てきた。特に遺伝子コード領域の解析はそれぞれの種のリファレンスゲノムで予測された遺伝子で行なった方がいいと考えられるため、再度アカウミガメの変異情報を取り直すべく進めている。また交雑の推定についても現状利用できるデータで、どの方法が最善かについて先行研究などを調べ直した。それぞれの種内の集団構造や系統関係については、PCA、系統樹（最尤推定・NrighborNetなど）、Admixture解析などの複数の方法で確認を行ったが、広域の試料が多数得られているアオウミガメについては種分化以降の集団間の遺伝子流動も今後考慮してサンプルを選択していく。また交雑の統計的解析を行なっていくための外群のデータは自分自身では取得していないため、データベースから利用する方向でSRAのデータを収集し始めた。全体的な系統関係などから改めてベストなデータを選択していく予定である。一部確認した集団構造については学会で発表した。