ウミガメ類における過去の種間交雑と遺伝子浸透による新規環境適応の検証

通过海龟过去的种间杂交和基因渗透验证新的环境适应能力

• 批准号: 21K15162
• 负责人: 浜端 朋子
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K15162/
• 关键词: 海洋生物; 種間交雑; ウミガメ類; 遺伝子浸透

昨年度に更新されたアオウミガメのリファレンスゲノムを用いて変異を取得し解析を進めていたが、更新後の染色体は、IDの変更に伴って、一部GATKを用いての変異コールができない不具合が見つかった。そこでGATK用にIDを修正し、改めて変異の取得、再フィルタリングをやり直し、交雑推定の解析に着手した。さらに年度末にアカウミガメも染色体レベルでアセンブルされたリファレンスゲノムがアーカイブでリリースされ、利用できる状態になった。当初の研究計画では全てアオウミガメのリファレンスゲノムで行う予定で進め、変異箇所を確認してきたが、解析方法の変更を検討する必要も出てきた。特に遺伝子コード領域の解析はそれぞれの種のリファレンスゲノムで予測された遺伝子で行なった方がいいと考えられるため、再度アカウミガメの変異情報を取り直すべく進めている。また交雑の推定についても現状利用できるデータで、どの方法が最善かについて先行研究などを調べ直した。それぞれの種内の集団構造や系統関係については、PCA、系統樹（最尤推定・NrighborNetなど）、Admixture解析などの複数の方法で確認を行ったが、広域の試料が多数得られているアオウミガメについては種分化以降の集団間の遺伝子流動も今後考慮してサンプルを選択していく。また交雑の統計的解析を行なっていくための外群のデータは自分自身では取得していないため、データベースから利用する方向でSRAのデータを収集し始めた。全体的な系統関係などから改めてベストなデータを選択していく予定である。一部確認した集団構造については学会で発表した。

Last year, we updated the chromosome, ID, and GATK to make use of the chromosome. GATK uses ID to correct, change, and obtain different data, and then starts to analyze the data. At the end of the year, it is necessary to use the color of the color. The original research plan is to complete the research on the determination of the content and the analysis of the content. The analysis of the special transmission field is to predict the transmission of the special transmission field, and to determine the transmission field. The best way to estimate the current situation is to study the problem first. The cluster structure within the species, the phylogenetic relationships, PCA, phylogenetic tree (most notably, estimated NrighborNet), Admixture analysis, and multiple methods of identification were used to determine whether the majority of the samples in the cluster were obtained. The analysis of cross section statistics is carried out in the direction of self acquisition and utilization. All system relationships are determined. A part of the group structure is confirmed.

项目成果

The level of bottleneck experienced by endangered green turtles

濒临灭绝的绿海龟所经历的瓶颈程度

• 发表时间: 2023
• 作者: Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata
• 通讯作者: Masakado Kawata

Absence of genetic structure among Streaked Shearwaters <i>Calonectris leucomelas</i> breeding in Japan, despite limited dispersal events

尽管扩散事件有限，但在日本繁殖的条纹海鸥 <i>Calonectris leucomelas</i> 中缺乏遗传结构

• 发表时间: 2023
• 期刊: Ornithological Science
• 影响因子: 0.6
• 作者: Miho Sakao;Tomoko Hamabata;Katsufumi Sato;Shinichi Watanabe;Ken Yoda;and Kozue Shiomi
• 通讯作者: and Kozue Shiomi

Origin Identification of Green Turtles in Japan Using Genome-Wide SNPs

使用全基因组 SNP 鉴定日本绿海龟的起源

• 发表时间: 2021
• 作者: Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata;Tomoko Hamabata
• 通讯作者: Tomoko Hamabata

Population structure and conservation genomics of North Pacific green turtles & Loggerhead turtles

北太平洋绿海龟的种群结构和保护基因组学

• 发表时间: 2023
• 作者: Miho Sakao;Tomoko Hamabata;Katsufumi Sato;Shinichi Watanabe;Ken Yoda;and Kozue Shiomi;Tomoko Hamabata
• 通讯作者: Tomoko Hamabata

Genomic measures relevant to the conservation of green turtles

与绿海龟保护相关的基因组措施

• 发表时间: 2022
• 作者: Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata
• 通讯作者: Masakado Kawata