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比較トランスクリプトーム解析に基づくシロイヌナズナ受精卵の極性化機構の解明

基于比较转录组分析阐明拟南芥受精卵极化机制

基本信息

批准号：
18J10512
负责人：
木全祐資
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-25 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18J10512/
关键词：
植物発生学細胞極性トランスクリプトーム

项目摘要

受精卵の極性化を制御する実働因子の同定を目指し、受精卵のトランスクリプトーム解析を行った。本年度はまず、受精卵を胚珠から単離・回収するための手法の開発に取り組んだ。はじめに、発生後期の胚の単離法などを参考に、実体顕微鏡下で胚珠を解剖して受精卵を単離することを試みた。しかしながら、この方法では胚珠の切断場所などを検討しても、受精卵を遊離させることができなかった。そこで、当研究室の先行研究で実施された卵細胞の単離の方法を参考にして、胚珠を細胞壁分解酵素で処理することで、受精卵をプロトプラスト化して遊離させることを目指した。しかしながら、酵素処理のみでは受精卵は遊離しなかったため、さらに胚珠を物理的に破砕する操作を加えた。様々な条件検討の末、受精卵を遊離させることに成功した。次に、上記の方法で野生型の受精卵を30個回収して、市販のキットを用いてmRNAを抽出してからcDNAを合成・増幅し、中部大学の鈴木孝征博士との共同研究として、次世代シーケンサーによるRNA-seqを行った。しかし、1サンプルあたり1000万リードを見込んでシークエンシングしたにもかかわらず、30個の受精卵からはおよそ10万リードしか検出できず、遺伝子発現を解析するには不十分であった。そこで、回収する受精卵の個数を増やし、さらにライブラリー濃縮のためのPCRのサイクル数も変更したことで、十分な量のリード数を検出できるようになった。以上の検討によって、受精卵の遺伝子発現を精確に解析するためのサンプル調整方法が確立できたと考えられた。そこで、この方法で得られたトランスクリプトームデータの信頼性を確かめるために、卵細胞のトランスクリプトームデータと比較した。その結果、受精卵では卵細胞と比べて、6000以上の遺伝子が特異的に発現していることがわかった。

The zygote has the same control factor as the zygote, and the zygote is the same as the zygote. This year, the ovule of zygote and fertilized egg will be isolated from the ovule and the ovule of the fertilized egg will be removed from the ovule. The ovule was dissected and the fertilized egg was isolated from the fertilized egg. The ovule was cut off from the ovule site and the fertilized egg was isolated from the ovule. In the laboratory, we first studied the methods of cell isolation from eggs, ovules, cell wall decomposing enzymes, fertilized eggs and fertilized eggs. The operation of breaking the ovule in the physics of the zygote, the zygote and the ovule. At the end of the condition, the fertilized egg was isolated from the fertilized egg and was successful. In the second and last week, 30 wild-type fertilized eggs were selected from the wild-type fertilized eggs, mRNA was used to extract the synthetic cDNA from the wild-type fertilized eggs, and Dr. Xiaozheng, PhD, from the Central University, to jointly study the wild-type fertilized eggs, and the next-generation pregnant women were selected to carry out RNA-seq trials. One day, one week, one day, one week, one week, one week The number of fertilized eggs, the number of fertilized eggs. The above procedures and zygotes show that the correct methods are correct and correct. If you want to know the truth, the method will help you to make sure that you don't know what to do, and that the egg cell will tell you what you want to know. The results showed that the cell size of fertilized eggs was higher than that of fertilized eggs, and that of more than 6000 of the fertilized eggs were significantly higher than that of the fertilized eggs.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Intracellular dynamics controlling Arabidopsis zygote polarization

控制拟南芥合子极化的细胞内动力学

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kimata Yusuke;Kato Takehide;Higaki Takumi;Kurihara Daisuke;Yamada Tomomi;Segami Shoji;Morita Terao Miyo;Maeshima Masayoshi;Hasezawa Seiichiro;Higashiyama Tetsuya;Tasaka Masao;Ueda Minako
通讯作者：
Ueda Minako

トランスクリプトーム解析による受精卵極性の制御因子の探索

通过转录组分析寻找控制受精卵极性的因素