ロングリードシークエンスを用いた混合ゲノム試料解析の探索的研究

使用长读长测序进行混合基因组样本分析的探索性研究

• 批准号: 21K19675
• 负责人: 奥田 貴久
• 金额: $ 4.08万
• 依托单位: Nihon University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-07-09 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21K19675/
• 关键词: ロングリードシークエンサー; ナノポアテクノロジー; 個人識別

第3世代シークエンサー(MinION)の予備試験としてλ-DNAを用いたサンプル調整、ライブラリーの作製、テスト分析を実施した。これにより、MinIONの操作方法や分析法における原理について理解を深めた。血液試料からDNA Mini Kit(キアゲン)を使用してDNA抽出及び定量を行い十分なDNA量が存在していることを確認した。その抽出したDNAからミトコンドリアDNAを選択的に取得するために、エクソヌクレアーゼV処理とエタ沈によりゲノムDNAを除去した。MinIONによるシークエンスの際の参照配列を得るためにミトコンドリアDNA全塩基配列(16kbp)を用いてサンガー法でシークエンスを試みた。今回我々は、ミトコンドリアDNAの全塩基配列をカバーするために、プライマーを21セット、さらに確認のため6セットを追加し、作製した。この結果、本実験の参照配列としての正確なミトコンドリアDNA全配列が得られた。ヒトDNAを用いてロングPCRを実施し、そのPCR産物をMinIONでロングリードのシークエンスを行った。MinIONによるシーケンス後、読み取られた塩基配列を含むfastqファイルの品質チェックは、FastQCを用いて行った。FastQCから得られたレポートにより、シーケンスが正しく行われていることを確認した。次に、fastqファイルのデータはminimap2を用いて参照配列にマッピングを行った。マッピングされたデータは、BAM形式で保存し、必要に応じてクオリティフィルタリングを実行した。その結果、ミトコンドリアDNAの全塩基数が38kbp前後と長く検出されたため、プライマーを２セット再設定したが、いずれも38kbpであったため、再考する必要がある。

The preliminary test of the third generation (MinION) is carried out by using λ-DNA to adjust, control and analyze. Minion's operation method and analysis method are used to understand the principles. The DNA Mini Kit for blood samples was used to extract and quantify DNA. DNA extraction and DNA removal MinION is the first to be used for DNA alignment (16kbp). This time, we added a new method to determine the full sequence of DNA. As a result, the reference sequence of this sample was correctly aligned with the complete sequence of DNA. The PCR product of the DNA fragment was obtained by PCR. Minion is a new type of product. It can be used in the following ways: FastQC has been identified as the most important factor in the process. Second, fastq, and minimap2. It is necessary to preserve the information in the form of BAM. As a result, the full base of Mitrondelia DNA is only around 38kbp, and it has been detected for a long time, and it has been reset to 2 bits. It has been detected at 38kbp, and it is necessary to re-examine it.

项目成果

日本大学医学部社会医学系法医学分野ホームページ

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口腔内液(唾液)中DNAに関する研究(第2報).

口腔液（唾液）中 DNA 的研究（第二次报告）。

• 发表时间: 2021
• 期刊: DNA多型
• 作者: 千葉 正悦;呂 彩子;向井 敏二;早田 詩織;飯酒盃 勇;鉄 堅;磯部 英二;内ヶ崎 西作;奥田 貴久
• 通讯作者: 奥田 貴久

Sudden death of a child associated with invasive non-typeable Haemophilus influenzae infection with underlying IgG2 subclass deficiency

• DOI: 10.1016/j.legalmed.2023.102240
• 发表时间: 2023-03-21
• 期刊: LEGAL MEDICINE
• 影响因子: 1.5
• 作者: Abe，Yuriko;Takano，Chika;Okuda，Takahisa
• 通讯作者: Okuda，Takahisa

A Case Report of Acute Cardiac Tamponade Creation in a Macaque: Echo-Guided Catheter Manipulation to Perforate Coronary Artery

猕猴急性心脏压塞的病例报告：回波引导导管操作以穿孔冠状动脉

• DOI: 10.33160/yam.2023.02.022
• 发表时间: 2023
• 期刊: Yonago Acta Medica
• 影响因子: 1
• 作者: Takanari Hiroki;Okuyama Minami W;Kuroki Kohji;Kondo Hidekazu;Kira Shintaro;Miura Masahiro;Takahashi Naohiko;Okuda Takahisa
• 通讯作者: Okuda Takahisa

口腔内液（唾液）中DNAに関する研究（第４報）

口腔液（唾液）中DNA的研究（第四次报告）

• 发表时间: 2022
• 作者: 千葉正悦;奥田貴久;他
• 通讯作者: 他