Platform for Advanced Genome Science
先进基因组科学平台
基本信息
- 批准号:22H04925
- 负责人:
- 金额:$ 4948.57万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (platforms for Advanced Technologies and Research Resources)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2028-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
①総括支援活動では支援課題の公募を実施し生命系のほぼ全分科から合計323の応募がありそのうち171課題を採択した。今年度の応募数は、同じく年1回公募だった第1期先進ゲノム支援の2019年度と概ね同様であったが、支援内容の精査や上限額の設定により、採択率が53%となり先進ゲノム支援として初めて50%超を実現した。拡大班会議を開催し235名の被支援者および支援班員が一同に会してゲノムをキーワードに異分野研究交流を進めた。情報解析講習会として初級者編(参加者148名)、中級者編(参加者240名)を開催した。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、1)長鎖シーケンシングのためにSequel IIe、2)空間的オミックス解析のためにXenium を導入し、それらの試行や条件検討、技術支援者の訓練も進め、支援で提供できるようにした。染色体レベルの高精度ゲノム配列決定(遺伝研)、空間的遺伝子発現解析(東大新領域)、近縁菌株が集積した試料からの高精度MAGの構築(九大)等を進めた。③情報解析支援活動においては、スパコン(遺伝研、東大医科研ヒトゲノム解析センター、東大情報基盤センター、東工大TSUBAME、産総研、京大化研、かずさDNA研等)を活用するとともに、利用量や占有の必要性に応じ、各機関や研究室の計算機を使用して支援を進めた。今年度は東工大に大規模メモリサーバを導入し、ロングリードアセンブル技術の高度化を進めドラフトゲノム解析支援を加速した。超高速相同性検索ソフトウェアPZLAST、微生物ゲノムアノテーションパイプライン DFAST(遺伝研)、ロングリードシミュレータPBSIM3(東大)、細胞運命分岐点を探索するための深層生成モデル VICDYF等の高度技術開発(名大)を進めた。
(1) Support activities and public offering of support projects were carried out in all branches of the life system. Total of 323 projects were raised. This year's number of offerings is 53%, the same year's first round of public offerings is 50%, and the first phase of advanced support is 50%. The 235 supported participants and support staff met together to exchange views. The information analysis workshop was organized for beginners (148 participants) and intermediate participants (240 participants). 2. Large-scale configuration analysis, point development, support activities, 1) long-term lock development, 2) spatial configuration analysis, Xenium introduction, all trial conditions, technical support, training, support, etc. Chromosome alignment determination (genetic research), spatial gene expression analysis (Dongda New Field), and high-precision MAG construction (nine major) of near-strain aggregation (3) Information analysis support activities include information analysis center, information base center, TSUBAME, industry research center, chemical research center, DNA research center, etc.), utilization volume, necessity of occupation, and computer use support for various agencies and research laboratories. This year, we are accelerating the introduction of large-scale software solutions and the development of advanced software solutions. Advanced technological developments such as ultra-high-speed identity search software, microbial development, and cell fate differentiation point exploration, including deep generation of VICDYF, are under way.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
植物ペプチドシグナルの世も無常?ゲノムが語る栄枯転変の物語
植物肽信号的世界是无常的吗?基因组讲述的盛衰故事
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:于萌;荒井直樹;落合由裕;大山隆;古水千尋
- 通讯作者:古水千尋
中枢神経胚細胞腫のomics解析による起源細胞の同定と病態の解明
通过中枢神经生殖细胞瘤的组学分析鉴定细胞起源并阐明病理学
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:牟礼英生;森垣龍馬;小山広士;大北真哉;松田拓;佐光亘;宮本亮介;藤田浩司;和泉唯信;梶龍兒;後藤惠;髙木康志.;高見浩数
- 通讯作者:高見浩数
がん脳転移微小環境の細胞分子基盤
癌症脑转移微环境的细胞和分子基础
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Shichijo Takafumi;Nosaka Kisato;Tatetsu Hiro;Higuchi Yusuke;Endo Shinya;Inoue Yoshitaka;Toyoda Kosuke;Kikukawa Yoshitaka;Kawakita Toshiro;Yasunaga Jun‐ichirou;Matsuoka Masao;平田 英周
- 通讯作者:平田 英周
食道癌患者における Nonactionable変異を用いた ctDNAモニタリング
使用不可操作突变对食管癌患者进行 ctDNA 监测
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:岩谷 岳;遠藤 史隆;藤澤 良介;西塚 哲
- 通讯作者:西塚 哲
The level of bottleneck experienced by endangered green turtles
濒临灭绝的绿海龟所经历的瓶颈程度
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata
- 通讯作者:Masakado Kawata
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黒川 顕其他文献
Probiotic utilization of the novel glucosylceramide-hydrolyzing bacterium to the alleviation of inflammatory bowel disease
利用新型葡萄糖神经酰胺水解细菌的益生菌缓解炎症性肠病
- DOI:
- 发表时间:
2014 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
赤嶺 佑佳;木村 達哉;中村 祐哉;森 宙史;黒川 顕;中島 信孝;Asanuma N - 通讯作者:
Asanuma N
バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法(改訂第2版)
如何逐步利用生物数据库和网络工具(修订版第二版)
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
黒川 顕;服部 正平;林 哲也;黒川 顕 - 通讯作者:
黒川 顕
腸炎モデルマウスに対する腸管IgA抗体の作用機序の解明
阐明肠道IgA抗体对肠炎模型小鼠的作用机制
- DOI:
- 发表时间:
2014 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
岡井 晋作;臼井 文人;野村 慎太郎;中村 肇伸;山本 和也;西山 依里;森 宙史;山田 拓司;黒川 顕;加藤 保;大野 博司;新蔵 礼子 - 通讯作者:
新蔵 礼子
Application of plant ceramide as antibacterial agent to prevent Escherichia coli O157:H7 infection
植物神经酰胺作为抗菌剂预防大肠杆菌O157:H7感染的应用
- DOI:
- 发表时间:
2016 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
中村 祐哉;森 宙史;黒川 顕;中島 信孝;Asanuma N - 通讯作者:
Asanuma N
黒川 顕的其他文献
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{{ truncateString('黒川 顕', 18)}}的其他基金
病原遺伝子データベースの構築およびゲノム全遺伝子の相互比較による相関解析
通过基因组中所有基因的相互比较构建致病基因数据库并进行相关性分析
- 批准号:
16013230 - 财政年份:2004
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
病原性データベースの構築およびゲノム全遺伝子の相互比較による相関解析
通过基因组中所有基因的相互比较构建致病性数据库并进行相关性分析
- 批准号:
15013236 - 财政年份:2003
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
大腸菌O157の病原遺伝子発現における外来性tRNA遺伝子の役割
外源tRNA基因在大肠杆菌O157致病基因表达中的作用
- 批准号:
14770115 - 财政年份:2002
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
相似海外基金
腸内全メタゲノム解析に基づく寿命と多糖代謝酵素の関連解析
基于肠道全宏基因组分析寿命与多糖代谢酶的关系
- 批准号:
23K27163 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
メタゲノムから低コピー二本鎖DNA断片を獲得するためのDNA均一化法の改良
从宏基因组中获取低拷贝双链DNA片段的DNA均质化方法的改进
- 批准号:
24K09425 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
新規メタゲノム解析法による糞便中の薬剤耐性大腸菌クローンのポピュレーション解析
使用新型宏基因组分析方法对粪便中的耐药大肠杆菌克隆进行群体分析
- 批准号:
24K19263 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
腸内細菌叢メタゲノム・メタボローム解析による歯周病と肝虚血再灌流障害の関係解明
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- 批准号:
24K19888 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
メタゲノムおよびメタボローム解析を用いた実環境での殺藻細菌の機能解明
利用宏基因组和代谢组分析阐明真实环境中杀藻细菌的功能
- 批准号:
23K20290 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
メタゲノム解析を用いた浮遊菌測定による博物館のゾーニングに関する研究
利用宏基因组分析测量空气中细菌进行博物馆分区研究
- 批准号:
24K04393 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Invisible diversity of reef-building corals: visualization, estimation of causes and prediction of the future
造礁珊瑚的无形多样性:可视化、原因估计和未来预测
- 批准号:
23H00529 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
高放射線環境に生息する微生物群集構造解析および優占種の性状解析
高辐射环境下微生物群落结构及优势种特征分析
- 批准号:
22KJ2728 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
メタゲノム解析を用いた硝子体疾患におけるマイクロバイオームの同定
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- 批准号:
23K15906 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
口腔内多発がんにおける口腔内細菌叢のメタゲノム解析
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- 批准号:
23K16108 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 4948.57万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists