Platform for Advanced Genome Science

先进基因组科学平台

• 批准号: 22H04925
• 负责人: 黒川 顕
• 金额: $ 4948.57万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (platforms for Advanced Technologies and Research Resources)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2028-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22H04925/
• 关键词: ゲノム; メタゲノム; オミックス解析; シングルセル解析; バイオインフォマティクス; 次世代シーケンサー; ゲノム・メタゲノム; RNA解析; エピゲノム; 空間的オミックス解析; スーパーコンピュータ

①総括支援活動では支援課題の公募を実施し生命系のほぼ全分科から合計323の応募がありそのうち171課題を採択した。今年度の応募数は、同じく年1回公募だった第1期先進ゲノム支援の2019年度と概ね同様であったが、支援内容の精査や上限額の設定により、採択率が53%となり先進ゲノム支援として初めて50%超を実現した。拡大班会議を開催し235名の被支援者および支援班員が一同に会してゲノムをキーワードに異分野研究交流を進めた。情報解析講習会として初級者編（参加者148名）、中級者編（参加者240名）を開催した。②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動においては、1)長鎖シーケンシングのためにSequel IIe、2)空間的オミックス解析のためにXenium を導入し、それらの試行や条件検討、技術支援者の訓練も進め、支援で提供できるようにした。染色体レベルの高精度ゲノム配列決定（遺伝研）、空間的遺伝子発現解析（東大新領域）、近縁菌株が集積した試料からの高精度MAGの構築（九大）等を進めた。③情報解析支援活動においては、スパコン（遺伝研、東大医科研ヒトゲノム解析センター、東大情報基盤センター、東工大TSUBAME、産総研、京大化研、かずさDNA研等）を活用するとともに、利用量や占有の必要性に応じ、各機関や研究室の計算機を使用して支援を進めた。今年度は東工大に大規模メモリサーバを導入し、ロングリードアセンブル技術の高度化を進めドラフトゲノム解析支援を加速した。超高速相同性検索ソフトウェアPZLAST、微生物ゲノムアノテーションパイプライン DFAST（遺伝研）、ロングリードシミュレータPBSIM3（東大）、細胞運命分岐点を探索するための深層生成モデル VICDYF等の高度技術開発（名大）を進めた。

(1) Support activities and public offering of support projects were carried out in all branches of the life system. Total of 323 projects were raised. This year's number of offerings is 53%, the same year's first round of public offerings is 50%, and the first phase of advanced support is 50%. The 235 supported participants and support staff met together to exchange views. The information analysis workshop was organized for beginners (148 participants) and intermediate participants (240 participants). 2. Large-scale configuration analysis, point development, support activities, 1) long-term lock development, 2) spatial configuration analysis, Xenium introduction, all trial conditions, technical support, training, support, etc. Chromosome alignment determination (genetic research), spatial gene expression analysis (Dongda New Field), and high-precision MAG construction (nine major) of near-strain aggregation (3) Information analysis support activities include information analysis center, information base center, TSUBAME, industry research center, chemical research center, DNA research center, etc.), utilization volume, necessity of occupation, and computer use support for various agencies and research laboratories. This year, we are accelerating the introduction of large-scale software solutions and the development of advanced software solutions. Advanced technological developments such as ultra-high-speed identity search software, microbial development, and cell fate differentiation point exploration, including deep generation of VICDYF, are under way.

项目成果

植物ペプチドシグナルの世も無常?ゲノムが語る栄枯転変の物語

植物肽信号的世界是无常的吗？基因组讲述的盛衰故事

• 发表时间: 2022
• 作者: 于萌;荒井直樹;落合由裕;大山隆;古水千尋
• 通讯作者: 古水千尋

中枢神経胚細胞腫のomics解析による起源細胞の同定と病態の解明

通过中枢神经生殖细胞瘤的组学分析鉴定细胞起源并阐明病理学

• 发表时间: 2022
• 作者: 牟礼英生;森垣龍馬;小山広士;大北真哉;松田拓;佐光亘;宮本亮介;藤田浩司;和泉唯信;梶龍兒;後藤惠;髙木康志.;高見浩数
• 通讯作者: 高見浩数

がん脳転移微小環境の細胞分子基盤

癌症脑转移微环境的细胞和分子基础

• 发表时间: 2022
• 作者: Shichijo Takafumi;Nosaka Kisato;Tatetsu Hiro;Higuchi Yusuke;Endo Shinya;Inoue Yoshitaka;Toyoda Kosuke;Kikukawa Yoshitaka;Kawakita Toshiro;Yasunaga Jun‐ichirou;Matsuoka Masao;平田 英周
• 通讯作者: 平田 英周

食道癌患者における Nonactionable変異を用いた ctDNAモニタリング

使用不可操作突变对食管癌患者进行 ctDNA 监测

• 发表时间: 2022
• 作者: 岩谷 岳;遠藤 史隆;藤澤 良介;西塚 哲
• 通讯作者: 西塚 哲

The level of bottleneck experienced by endangered green turtles

濒临灭绝的绿海龟所经历的瓶颈程度

• 发表时间: 2023
• 作者: Tomoko Hamabata;Satomi Kondo;Kazunari Kameda;Takuya Fukuoka;Katsufumi Sato;Makoto Terauchi;Hideki Noguchi;Masakado Kawata
• 通讯作者: Masakado Kawata